2009年是深化醫藥衛生體制改革的開局之年。4月份，《中共中央國務院關於深化醫藥衛生體制改革的意見》和《國務院關於印發醫藥衛生體制改革近期重點實施方案（2009-2011年）的通知》相繼頒布，明確了堅持公共醫療衛生的公益性質，把基本醫療衛生制度作為公共産品向全民提供，逐步實現人人享有基本醫療衛生服務。近三年以五項重點改革為著力點，積極穩妥地推進醫藥衛生體制改革。國務院辦公廳專門下發了《醫藥衛生體制五項重點改革2009年工作安排》，對2009年醫改工作進行了部署。國務院醫改領導小組統籌組織實施醫改方案。截止2009年底，先後下發醫改配套文件15個。

    （一）基本醫療保障擴大覆蓋面、提高保障水平取得積極進展。城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險的參保人數超過4億人，比上年新增8239萬人；新農合參保率穩定在90%以上。基本醫療保障水平進一步提高，城鄉醫療救助進一步得到加強。

    （二）基本藥物制度啟動實施。發佈了包括307種藥品的國家基本藥物目錄（基層版）。30%的基層醫療衛生機構啟動實施國家基本藥物制度，並實行省級集中網上公開招標採購、統一配送和零差率銷售。

    （三）基層醫療衛生服務體系建設步伐明顯加快。中央財政安排專項資金200億元，支持986個縣級醫院（含中醫院）、3549個中心鄉鎮衛生院和1154個城市社區衛生服務中心建設。900個城市三級醫院對口支援2000個縣級醫院工作全面啟動，中西部農村、城市基層衛生服務人員培訓和鄉鎮衛生院執業醫師招聘等工作繼續加強。

    （四）基本公共衛生服務逐步均等化進一步加強。居民健康檔案等9類基本公共衛生服務項目啟動實施，15歲以下的人群補種乙肝疫苗等6個重大公共衛生項目向城鄉居民免費提供。

    （五）公立醫院改革試點工作開始啟動。已公佈了公立醫院改革試點指導意見和16個國家聯絡指導的改革試點城市。