2007年12月16日下午，教育部、衛生部、國家中醫藥管理局在北京舉行共建北京中醫藥大學協議簽字儀式。教育部部長周濟、衛生部副部長兼國家中醫藥管理局局長王國強在協議文本上簽字併發表了講話。

    周濟説，三部門簽署共建協議，對北京中醫藥大學來講，是一次難得的發展機遇。教育部將認真落實協議精神，切實採取有效措施，與衛生部、國家中醫藥管理局一道，在北京中醫藥大學改革、發展、建設等方面給予更多的指導與扶持，積極支持北京中醫藥大學實現更好更快的發展。周濟要求北京中醫藥大學高舉中國特色社會主義偉大旗幟，深入貫徹落實科學發展觀，根據黨的十七大提出的優先發展教育、建設人力資源強國和建立基本醫療衛生制度、提高全民健康水平的要求，充分認識時代賦予的神聖使命，結合中醫藥事業的特點和學校實際，進一步思考“建設一所什麼樣的大學”、“怎樣建設這樣的大學”兩個核心問題，制定和完善“學校發展戰略規劃”、“學科和師資隊伍建設規劃”和“校園建設規劃”，在新的起點上確立新的目標，制定新的舉措，謀劃新的發展。周濟強調，北京中醫藥大學要搶抓機遇，乘勢而上，突出特色，推動學校各項事業科學發展。要把創新人才的培養作為學校的根本任務；要把學校發展融入國家和區域創新體系建設和社會主義現代化建設之中，堅持“以服務為宗旨，在貢獻中發展”；要大力推進人才強校戰略，狠抓教師隊伍建設。

    王國強在講話仲介紹了國家中醫藥事業發展的總體情況，充分肯定了北京中醫藥大學在促進中醫藥事業發展中的地位和作用，表示衛生部、國家中醫藥管理局將發揮行業部門優勢，進一步扶持北京中醫藥大學的建設。王國強還就北京中醫藥大學的改革和發展提出了希望和要求。

    近些年來，教育部按照科學發展觀的要求，積極探索高等教育資源整合的新機制，大力推進教育部同地方政府、行業部門、大型企業等的共建高等學校工作，鞏固和深化了高校管理體制改革成果，有效促進了高水平大學建設。在此次教育部、衛生部、國家中醫藥管理局簽署的共建中醫藥大學協議中，三方商定按照“共同建設、共擔責任、共促發展”的原則，共同探索學校管理機制，共同完善教育教學機制和政策，共同推進中醫藥教學改革；三方承諾充分利用教育、衛生兩個系統的資源，優勢互補，資源共享，共同辦好北京中醫藥大學，促進我國教育事業和中醫藥事業的發展。