為進一步加強蓄水期的環境安全工作，嚴防突發性環境污染事件發生，從2008年11月10日開始，重慶市相關部門針對此次蓄水期間可能出現一些新的環境安全問題，開展了庫區沿岸企業的環境安全隱患大檢查。

    這次環境安全隱患大檢查主要以“突出防範重點、強化環保執法”為抓手，堅持對庫區一級支流回水區、幹流和支流飲用水源地的巡查工作，並針對庫區沿江的污染源特別是化工、造紙、電鍍、冶煉、印染等重污染行業或容易引發污染糾紛、污染事故的企業進行環境安全隱患排查，會同安監、海事、公安等部門對沿江生産、使用、經營、貯存、運輸危化品的單位進行深入細緻核查，督促存在環境安全隱患的單位儘快整改到位，不留死角。對排污不能穩定達標的企業，採取臨時停産或限産措施；對擅自停運治污設施、超標排污或偷排偷放污染物的企業要實行停産整治，按照《重慶市環境保護條例》從嚴查處。

    截至2008年11月19日，重慶市共出動環境監察人員117人次，抽查重點企業84家、鄉鎮生活污水排放口28處、飲用水源保護地11處、城市污水處理廠5家、油庫2個、養殖廢水排口2個，發現環境安全隱患15處，立案查處3起違法排污行為。