為進一步加強宏觀統籌、促進科技資源的優化配置，推動科技六部門的工作溝通與配合，2009年1月8日，由科技部牽頭，科技六部門（科技部、教育部、中國科學院、中國工程院、國家自然科學基金委、中國科協）在北京召開第一次會商會議，全國政協副主席、科技部部長萬鋼，科技部黨組書記、副部長李學勇，教育部部長周濟，中國科學院常務副院長白春禮，中國工程院常務副院長潘雲鶴，國家自然科學基金委員會主任陳宜瑜，中國科協副主席、書記處第一書記、黨組書記鄧楠出席會議。

    會議聽取了科技部計劃司對科技六部門會商籌備工作的通報，並重點圍繞建立科技六部門會商機制，科技人才服務企業技術創新行動實施方案以及“十二五”科技發展規劃相關工作進行研究和討論。

    萬鋼部長在講話中指出，建立和健全國家科技決策和宏觀協調機制，加強宏觀統籌和促進科技資源的優化配置，這是黨中央、國務院根據科技工作的新形勢和發展的新趨勢提出的明確要求。他傳達了中央領導近期關於科技創新應對金融危機的一系列指示，萬鋼部長表示，當前中央把科技擺在了特別突出的位置，對科技工作提出了更高的要求，這也是我們科技事業前所未有的機遇。科技六部門在共同推動我們國家的科學技術事業的發展和創新型國家的建設當中，歷來就有著很好的合作傳統和基礎。新形勢下要求科技六部門進一步加強聯絡，創新工作機制，及時和充分地針對就科技工作中的重大問題進行溝通和協商。科技會商機制的建立將為我們搭建一個科技六部門相互溝通和交流的高層次平臺，有助於形成推動科技事業發展的合力。

    針對科技六部門共同關注和推動的幾項工作，特別是科技發展戰略和“十二五”規劃研究、國家創新體系建設、科技人才培養和引進、科技評價和科研誠信體系建設等，萬鋼部長希望各部門在目前工作的基礎上，要充分發揮各自的優勢，利用會商機制這個平臺，進一步加強協作，共同努力推進自主創新戰略的實施。萬鋼部長還在會上介紹了2009年科技部的幾項重點工作。

    李學勇書記強調，科技會商機制要著眼長遠發展，進行全面的協調和溝通，不但要研究科技發展戰略層面的重大問題，而且要落實到各部門可以共同推動的工作實際上來。特別是在當前的經濟形勢下，科技六部門更要加強協作，利用已有基礎，創新工作方法，從“擴內需、保增長、調結構”的大局出發，充分發揮科技創新在應對金融危機中的作用。

    各部門都非常贊同科技部牽頭建立科技會商機制並表示將全力參與和支持，大家一致認為，搭建科技六部門之間高層次交流平臺，是國家科技宏觀管理和決策的一項制度性創新，也是新形勢下落實科學發展觀、轉變政府職能、加強宏觀管理和統籌的具體體現，將有利於加強相關部門和單位之間工作的銜接和協調，共同推進自主創新能力的提高和創新型國家的建設。科技會商工作目前在各個單位的大力支持和配合下，已經組成由各部門分管部長組成的領導小組，以及由具體司局和處室工作人員組成的工作小組，今後將根據需要定期或不定期召開會商會議，就科技工作的重大問題進行協調溝通，為黨中央、國務院以及相關部門決策提供意見建議。