2009年7月18日，科技部與雲南省人民政府在昆明舉行了第二次部省工作會商會議。全國政協副主席、科技部部長萬鋼，科技部黨組成員、副部長張來武；中共雲南省委副書記、省長秦光榮，副省長和段琪等出席了會議。會議由科技部副部長張來武主持。

    萬鋼部長在講話中充分肯定了雲南省的科技工作，尤其是在科技創新環境營造、著力培育特色優勢産業等方面所取得的重要突破。他指出，面對雲南快速發展的新形勢、新機遇，科技部將以十七大精神為指引，以部省會商為平臺，進一步加強與雲南省的合作與互動，促進雲南科技創新。希望雲南認真貫徹落實《國務院關於發揮科技支撐作用 促進經濟平穩較快發展的意見》，立足優勢特色産業，調整投入結構，集成資源，調動各方面積極性，提升科技在經濟社會發展中的支撐作用；進一步抓好生物資源開發、有色金屬、磷化工和煤化工、先進製造等重點領域的跨越發展，重視重大專項等科技成果在這些領域的推廣和應用；進一步營造好科技創新氛圍，切實加強自主創新政策的落實，並在符合自身發展需求方面取得突破。

    秦光榮省長在講話中首先感謝科技部對雲南科技工作的大力支持。他指出會商制度建立兩年多來，雲南省在制定和完善政策、加大財政科技投入、促進科技與金融結合、擴大科技領域的開放合作及進一步深化科技管理改革等方面進行了探索和創新，有力地促進了雲南的科技進步和科技工作，形成了上下聯動、橫向互動的工作格局。他指出雲南將以此為契機，按照國家目標和雲南優勢相結合的原則，進一步深化與科技部的合作，圍繞議定書的主題和內容，加強領導，增加投入，創新機制，狠抓落實，舉全省之力，確保與科技部合作共建的重大項目的實施和重點工作的開展，共同為建設創新型國家作出貢獻。

    會上，科技部與雲南省圍繞“共同推進雲南有色金屬新材料産業化基地建設”、“推動中藥現代化科技産業（雲南）基地建設”、“繼續推進雲南特色動物資源實驗動物化開發及共享平臺建設”、“共同推進雲南省興邊富民科技支撐工作”、“優化科技發展環境，加強體制機制創新”等合作重點進行了深入溝通和交流。