973計劃和重大科學研究計劃在組織實施中強調聯合、協作，凝聚全國優秀研究力量共同解決重大科學問題，並鼓勵不同部門、單位和項目之間充分開展學術交流與合作。近年來，已通過組織項目研究網絡、召開項目首席科學家交流會和各領域專題研討會等不同方式來推動。這些做法，得到了973計劃專家顧問組、領域專家諮詢組、科學計劃專家組和廣大科學家的高度認同和大力支持，初步營造出了加強學術交流與合作的良好氛圍。目前，很多項目已經開始自發聯合組織召開學術年會。
2009年10月28-30日，“腫瘤與神經系統疾病的表觀遺傳機制”、“利用模式動物研究遺傳性出生缺陷的發生機理”、“心臟發育與血管發生過程中的信號調控機制研究”、“發育與生殖相關的小分子化合物庫及相關技術平臺的建立”、“誘導多能幹細胞（iPS）的重編程機制”等5個973計劃和重大科學研究計劃項目在南京聯合召開了交流研討會。各項目首席科學家、專家組成員和項目骨幹共100余人參加了會議。
會議主旨是交流幹細胞和發育領域的最新研究進展，加強國內各團隊之間的協作和資源共享，並探討該領域下一步的重點研究方向。與會人員彙報了各自項目的最新進展和國際研究現狀，圍繞iPS形成的表觀遺傳機制、iPS全能性、iPS細胞定向分化及其調控、器官發育的信號調控機制等生命科學的前沿熱點問題，以及小分子化合物庫的建設進展和共享機制開展了深入討論，並達成了許多下一步合作的意向。
