2009年11月23日，第三屆中日韓三國衛生部長會議在日本東京舉行。我部陳竺部長率代表團出席了會議。日本厚生勞動大臣長妻昭和韓國衛生部部長全在姬也各率代表團參加了此次會議。

    2007年中日韓三國衛生部建立部長會議機制以來，每年舉行一次部長會議。此次會議旨在回顧第二屆部長會議上三國衛生部簽署共同應對流感大流行行動計劃落實情況，商討三方共同關心的問題和新的合作領域。

    陳竺部長在發言中，介紹了中國甲型H1N1流感防控、疫苗接種情況。關於食品安全，陳部長表示，中國政府高度重視食品安全，願意與日韓兩國開展食品安全合作。陳竺部長還就中日韓衛生合作提出四點建議。一是繼續加強三國在流感大流行等傳染病防控領域的合作。二是加強在食品安全風險評估、食品標準制定的科學支持、人員交流等領域的合作。三是加強三國衛生政策方面的交流與合作。四是提出利用各自優勢，在幹細胞、癌症治療等基礎和應用研究領域加強合作。

    中日韓三國衛生部長在會上簽署了《三國衛生部關於食品安全的合作備忘錄》，併發表了《第三屆中日韓衛生部長會議聯合聲明》。按照備忘錄，中日韓三國衛生部將在食品安全和監測領域的信息交流方面加強合作，並同意就共同關心的食品安全議題及時開展友好對話和協商。聯合聲明對三方在各領域合作所取得的進展表示歡迎，重申三國在醫療衛生有關領域的共同關切。會議商定，2010年第四屆中日韓衛生部長會議將在韓國舉行。

    會前，陳竺部長分別會見了日本厚生勞動大臣長妻昭、韓國衛生部部長全在姬和世界衛生組織西太區主任申英秀，就甲型H1N1流感防控、醫藥衛生體制改革以及雙邊衛生合作交換了意見。會後，三國衛生部長共同會見了記者。陳竺部長還就我國甲型H1N1流感防控情況接受了部分媒體的單獨採訪，介紹我國疫情，疫苗接種等方面的進展。

    由應急辦、監督局、國際司和中國疾病預防控制中心的人員組成的中國代表團出席了會議。