從2010年1月1日起，增值稅等扣稅憑證抵扣期限將從90日延長至180日，以解決部分納稅人因扣稅憑證逾期，導致進項稅額無法抵扣的問題。
國家稅務總局明確，增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以後開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，並在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。
實行海關進口增值稅專用繳款書（以下簡稱海關繳款書）“先比對後抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以後開具的海關繳款書，應在開具之日起180日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》（包括紙質資料和電子數據），申請稽核比對。未實行 “先比對後抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人，取得2010年1月1日以後開具的海關繳款書，應在開具之日起180日後的第一個納稅申報期結束以前，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。
通知同時明確，增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以後開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票、機動車銷售統一發票以及海關繳款書，未在規定期限內到稅務機關辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣。
據了解，從2003年以來，國家稅務總局對增值稅專用發票等扣稅憑證陸續實行了90日申報抵扣期限的管理措施，對於提高增值稅徵管信息系統的運行質量、督促納稅人及時申報起到了積極作用。但90日的抵扣期限相對較短，部分納稅人因多種原因導致扣稅憑證逾期申報，使得進項稅額無法抵扣。為了合理解決納稅人的實際問題，加強稅收徵管，國家稅務總局決定將90日的抵扣期限延長至180日。
