近年來，根據黨中央、國務院有關“穩疆興疆，富民固邊”、支持新疆又好又快發展等一系列重要指示精神，中國農科院進一步加大了援疆工作的力度，特別是2007年農業部召開第一次全國農業援疆工作座談會後，中國農科院切實抓好農業援疆工作，認真制定援疆工作方案。院領導多次帶領相關研究所的領導和專家深入新疆，實地研究和落實農業援疆工作，進一步加強了科技資源、科技成果在新疆的聚集，為支援新疆、建設新疆、科技興疆發揮了積極作用，做出應有的貢獻。

    （一）共同研究解決制約農業生産發展的關鍵技術問題。與新疆有關單位共同承擔國家和地方科技項目60余項，經費5000多萬元，在作物新品種選育、畜禽種質資源保存、哈密瓜、杏子深加工技術、節水技術等方面取得了顯著成效，進一步帶動了新疆自身農業科技實力的提升。

    （二）積極參與新疆科技平臺建設，建設了6個研究中心（實驗室）、5個試驗站（基地）。與石河子大學聯合共建了綠洲生態農業省部共建重點實驗室；與新疆牧科院共同組建了“中國農業科學院新疆畜牧研究中心”等5個中心，在阿克蘇建立了“中國農科院果樹瓜類野外科學觀測試驗站”，在若羌縣建立了“新疆若羌縣紅棗示範基地”，為提升新疆農業科技持續創新能力創造了條件。

    （三）為新疆産業升級提供技術支撐。每年在新疆推廣棉花、馬鈴薯、果樹、蔬菜等新品種50多個，推廣蔬菜有機生態型無土栽培技術等新技術30多項，新品種和新技術推廣面積達1100多萬畝，有利地促進了新疆現代農業的發展。在作物生長的關鍵時期，選派專家到新疆舉辦培訓和專題講座，現場指導、培訓生産和技術人員，並贈送大批技術資料，幫助解決生産實際問題，每年培訓農牧民1萬餘人次。

    （四）為新疆培養大批優秀人才。“十一五”期間，中國農科院培養了新疆13名“西部之光”學者；為新疆培養農牧業高級研究和管理人才40余人，培養推廣碩士25人；通過中國農科院的支持，石河子大學在作物栽培與耕作學和育種學學科成功申請了博士點。