中國國家衛生和計劃生育委員會26日表示，為確保災後無大疫，已從飲水衛生、食品安全、公共衛生、垃圾處理、傳染病防控、預防接種、心理援助等全方面開展衛生防疫工作。目前災區未發現重大傳染病疫情和重大突發公共衛生事件。
有媒體報道，災民“喝生水、吃腐敗食品”導致腹瀉。中國衛計委表示，已累計衛生監督檢查集中供水點706個、指導居民飲水消毒16183次，將重點監測水裏大腸桿菌、金葡萄球菌等物質含量。
目前蘆山縣城的自來水供應已基本恢復，但中國衛計委蘆山地震救援專家組組長王華慶呼籲，民眾應先用泡騰消毒片把水消毒、燒開再喝。武警後勤學院附屬醫院醫療救援隊衛生防疫專家高宏偉亦建議“先把碗筷放在有泡騰消毒片的水裏泡30分鐘”。
由於震後蘆山縣涌入大批志願者和救援物資，災民為避險選擇在戶外居住，所産生的生活垃圾數量不容小覷。截至到26日晚記者發稿時，中國衛計委已累計向災區調配消殺器具275台、消毒劑22.27噸，並開展環境消殺滅面積266.8萬平方米，建立生活垃圾收集點833個，清除垃圾2145噸。
“我們將組織力量及時清理清運廢墟和垃圾，專題研究解決災區臨時廁所問題”，四川省委常委、常務副省長鐘勉説，至少有200個簡便廁所已被安置在主要幹道兩側。
為確保災區無大疫，中國衛計委已累計派出2880名防疫人員，印發衛生防病宣傳材料54.61萬份(冊)。國家衛生應急隊突發傳染病防控隊的2名免疫專業應急隊員曾協助蘆山縣衛計委修改災後甲肝疫苗、麻風腮疫苗群體接種及應急接種工作方案。目前接種工作已進入現場組織階段。
王華慶表示還須“關口前移”，即主動消除疾病發生隱患，“災區民眾也需要自覺參與到防疫工作中”。中國疾病預防控制中心26日表示，將進一步有針對性的編寫、製作健康材料，提醒災區民眾做好自身衛生防護，共同維護臨時安置點的公共衛生。
此外，中國衛計委已累計開展心理救援14816人次。其中北京安定醫院心理危機干預小組已對蘆山縣城東社區煙草公司安置點400余受災群眾進行心理危機干預，給剛複學的蘆山中學高中生60人上了心理課。他們還將陸續對該校800余人進行心理干預，確保災民身心健康。
