三峽工程建設因淹沒和改變長江水文情勢等原因，將對水生生物和陸生植物帶來一定的影響。按照三峽工程樞紐工程初步設計報告，三峽工程擬補償建立3個珍稀和特有魚類自然保護區，分別是長江上遊珍稀和特有魚類自然保護區、湖北宜昌中華鱘自然保護區和長江口中華鱘幼魚自然保護區。2005年，長江上遊珍稀和特有魚類自然保護區、長江口中華鱘幼魚自然保護區已經完成保護區建設的前期工作，計劃在2006年上半年正式啟動。湖北宜昌中華鱘自然保護區建設順利進行，基地主體工程建設基本完成，預計在2006年6月工程完工。同時，為了加大珍稀魚類保護力度，三峽辦和農業部等有關部門和單位共同組織了珍稀魚類增殖放流，分別在湖北荊州、長江口等地開展了中華鱘等珍稀魚類放流。陸生植物保護方面，2005年，繼續開展珍稀和特有植物保護工作，特別是疏花水柏枝和荷葉鐵線蕨的搶救性保護。（三峽辦提供）