當水源被病毒污染後，首先禁止水禽再進入。對於小水體的污水，按每10升加入1%有效氯含氯消毒溶液10毫升或加漂白粉4克，混勻後作用1.5—2小時即可；較大的水體應加強管理，疫區解除封鎖前嚴禁使用。對疫區的飲用水應檢測，如有污染也要消毒處理，保證微生物指標符合《生活飲用水衛生標準》。帶有病毒的水禽及其污染物進入是造成水源污染的重要原因之一，因此水禽要圈養，養禽場、屠宰場應遠離水源，禽舍垃圾、水禽分泌物、排泄物以及屠宰場廢棄物不得倒入水源。
