南水北調工程建設管理體制的總體框架分為政府行政監管、工程建設管理和決策諮詢三個層面。

    政府行政監管層面：國務院南水北調工程建設委員會，作為工程建設高層次的決策機構，決定南水北調工程建設的重大方針、政策、措施和其他重大問題。國務院南水北調辦公室作為建設委員會的辦事機構，負責研究提出南水北調工程建設的有關政策和管理辦法，起草有關法規草案；協調國務院有關部門加強節水、治污和生態環境保護；對南水北調主體工程建設實施政府行政管理。

    工程沿線各省、直轄市成立南水北調工程建設領導小組，下設辦事機構，貫徹落實國家有關南水北調工程建設的法律、法規、政策、措施和決定；負責組織協調徵地拆遷、移民安置；參與協調省、自治區、直轄市有關部門實施節水治污及生態環境保護工作，檢查監督治污工程建設；受國務院南水北調辦委託，對委託由地方南水北調建設管理機構管理的主體工程實施部分政府管理職責，負責地方配套工程建設的組織協調，研究制定配套工程建設管理辦法。

    工程建設管理層面：南水北調工程建設組織以南水北調工程項目法人為主導，包括承擔南水北調工程項目管理、勘測設計、監理、施工、諮詢等建設業務單位的合同管理及相互之間的協調和聯絡。

    南水北調工程項目法人是工程建設和運營的責任主體。建設期間，主體工程的項目法人對主體工程建設的質量、安全、進度、籌資和資金使用負總責；負責組織編制單項工程初步設計；協調工程建設的外部關係。

    承擔南水北調工程項目管理、勘測(包括勘察和測繪)設計、監理、施工等業務的單位，通過競爭方式擇優選用，實行合同管理。

    決策諮詢層面：成立南水北調工程建設委員會專家委員會。主要任務是對南水北調工程建設中的重大技術、經濟、管理及質量等問題進行諮詢；對南水北調工程建設中的工程建設、生態環境、移民工作的質量進行檢查、評價和指導；有針對性地開展重大專題的調查研究活動。（南水北調辦提供）