北京市教委歷來重視學校突發公共衛生事件的防控工作，以保證學生的身體健康和生命安全為前提，協調市衛生局、質監局、財政局、市政管委、市建委及市紅十字會等各相關部門共同開展防控工作。

    一是在全市啟動了健康促進學校工作。2001年3月，市教委與市衛生局根據北京市學校衛生工作現狀，依據相關法律法規以及國家各項衛生標準，制定了《北京市健康促進學校評估標準》以及北京市健康促進學校工作實施方案和管理辦法。旨在普及健康知識,提高健康意識，完善學校的健康政策、合理調整學校的物質環境和社會環境、爭取社區支持、為學生提供健康服務、培養學生健康技能,努力為學生創造健康、安全的學習和生活環境。為全面防控突發公共衛生事件奠定了基礎。2005年，又將紅十字青少年工作納入健康促進學校評估標準，紅十字會進入了領導小組。重新修改了《北京市健康促進學校驗收標準》，制定了《北京市健康促進學校驗收細則》和《北京市健康促進學校區縣考核標準》。

    二是全面加強食品衛生工作。2001年北京高校成立了伙食原材料聯合採購中心，集中採購範圍包括大米、麵粉、食用油、肉類、禽、蛋、副食調料、熟食等十八類主副食原料。經過多次聯合採購活動，與一批"資質好、實力強、講誠信、重服務"的供應商形成了穩定的供應關係，達到了從源頭把住食品原材料質量關的目的。市質監和衛生部門對此項工作給予了大力支持。目前，25所高校後勤飲食服務部門通過了ISO9000國際質量管理體系認證，52家營養餐企業全部通過了HACCP（質量分析與關鍵控制點）的驗收。使學生食堂和營養餐生産企業生産加工的各個管理環節進一步得到控制。

    三是廣泛開展傳染病防控工作。2006年市教委與市衛生局共同研究制定了《北京市學校及托幼園所集中發熱處理技術規範》，以進一步明確北京市針對學校中集中發熱的調查處理、疫情上報等各項程序。同時，共同編寫《北京市學校傳染病防治工作手冊》，及時指導學校處理突發傳染病及信息報送工作。特別是市政府每年出資免費為全市適齡兒童接種麻風腮聯合疫苗，並完成了查露補種工作。目前，全市預防接種工作達到了八免一應急，即對出現水痘疫情的學校學生免費接種水痘疫苗。今年全市學生麻風腮發病率明顯減少。

    四是加快農村中小學旱廁改造工作。2007年，市政府撥專項經費5000萬元，對10個遠郊區縣100所農村中小學校的旱廁進行改造。北京市副市長趙鳳桐3月在門頭溝區主持召開了現場會，對旱廁改造工作做了重要部署。6月26日，市教委組織市、區市政管委、建委、財政局和教委召開了會議，對各區縣後續工作提出了要求。目前大部分區縣已經完成前期準備工作，並已在7月份陸續開工，力爭在9月1日前交付使用，以全面改善農村中小學廁所衛生條件。