中央財政十分重視對生態環境保護的投入。2006年，中央財政繼續加大投入，並根據環境保護和生態建設的情況進一步調整支出方向，優化投資結構，財政資金的使用效益顯著提升。一是安排環保總局年初部門預算55973.6萬元，比上年增長9.6％。重點加強了環境執法監察、環境標準制定、環境監測等方面的投入；二是進一步優化中央集中的排污費資金支出方面，加大投入，加強環境監測能力建設、飲用水源地保護、區域環境安全、農村環境保護等環境保護重點領域的支出。2006年安排專項資金114000萬元，比去年增長40％；三是安排中西部環境監察執法能力建設支出6000萬元，比去年增長20％；四是繼續安排國家級自然保護區能力建設補助資金5000萬元和集約化畜禽養殖污染防治專項資金1500萬元。