2003年以來，財政監督和專員辦工作以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，認真貫徹落實部黨組提出的“一、二、三、四”財政工作思路，緊緊圍繞促進財政管理和深化財政改革這一中心，著力構建全方位財政監督長效機制，不斷搞好日常性財政監管，深入開展中央財政收支、金融、會計和財政部門內部監督，強化財政資金的規範、安全和有效性監督,在維護國家財稅法令的統一，查處嚴重違規違紀問題，整頓和規範市場經濟秩序，規範財政監督行為，保障財政正常運行和宏觀調控措施的順利實施等方面做了大量工作，發揮了重大作用，取得了明顯成效。

    一方面，堅持加強財政監督與規範財政業務管理、深化財政改革相結合，不斷調整完善財政監管工作方式方法，強化對預算執行全過程的監督與追蹤問效，進一步加大了事前審核、事中監控的工作力度，有效地促進了各項政策與改革的實施。一是積極服務財政國庫管理制度改革，陸續承擔糧庫建設資金、車購稅交通專項資金以及部分中央部門財政直接支（撥）付資金的初審工作；二是參與預算單位銀行賬戶管理；三是參與“三會”派出機構、海關、出入境檢驗檢疫局部分分支機構等部門預算編制等日常監管工作；四是參與部分專項資金的審核工作。據統計，2003年到2006年，監督檢查局組織全國專員辦共參與審核各類申報資金10308億元，審核剔除不合規申報資金526億元；徵收、監繳中央非稅收入1281億元。

    另一方面，緊緊圍繞財政中心工作，不斷加強對重大財政宏觀調控政策執行情況的監督檢查，重點關注涉及人民群眾切身利益的“三農”、社保等重大支出使用情況，積極開展中央財政收支、金融、會計和財政部門內部監督，充分發揮財政監督在保障財政正常運行和宏觀調控措施的順利實施、整頓和規範財經秩序等方面的作用。據統計，2003年到2006年，監督檢查局組織全國專員辦共查處各類有問題金額3332.84億元，向有關部門提出處理建議771件，其中665人受到黨紀政紀處分，14人被移送司法機關立案處理，114名註冊會計師受到行政處罰，37戶會計師事務所受到行政處罰。同時，結合監督工作加強調查研究，提出了大量的改進管理的意見和建議，有效地促進了財政管理水平的不斷提高。

    經過幾年的努力，初步建立了事前審核、事中監控與事後檢查相結合；內外監督相結合；實時監控、綜合檢查、跟蹤反饋相結合的全方位財政監督長效機制，一個適應中國國情的財政監督體系正在逐步形成，並向規範化、制度化方向邁進。