2006年是“十一五”的開局之年，也是《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006—2020年）》（以下簡稱《綱要》）的啟動年。年初，黨中央、國務院召開了全國科技大會，對未來十五年加強自主創新、建設創新型國家做出了部署。為貫徹落實中央決策，國家財政採取多項措施，大力支持自主創新。

    一、加大投入力度，為自主創新提供有力的經費保障

    財政投入是完成《綱要》任務、支持自主創新的重要保障。在2006年年初預算安排中，中央財政科技經費實現了大幅度增長，達到716億元，增長19.2%，明顯高於中央財政收入的預計增幅。在年度預算執行中央財政超收之後，這一比例仍然明顯高於中央財政經常性收入的增幅。在中央財政科技經費大幅增長的帶動下，很多地方的科技經費也大幅增長。

    二、優化投入結構，建立符合科技工作特點的投入體系

    在加大投入的同時，進一步優化投入結構，重點支持市場機制不能有效配置資源的基礎研究、前沿技術研究、社會公益研究、重大共性關鍵技術研究開發等公共科技活動。同時，加大對科研機構穩定支持的支持力度，使財政科技經費更加符合科技工作需要和科研工作規律。

    （一）加大對國家科技計劃（基金）的支持力度

    國家科技計劃（基金）是落實《綱要》任務，提高我國自主創新能力的重要載體。2006年中央財政安排973計劃14億元，安排863計劃60億元。同時，在原國家科技攻關計劃基礎上，設立國家科技支撐計劃（以下簡稱“支撐計劃”）。支撐計劃以公益技術及産業關鍵技術研究開發與應用為重點，結合重大工程建設和重大裝備開發，重點解決涉及全局跨行業跨地區的重大技術問題，2006年安排資金40億元。另外，2006年安排國家自然科學基金35.8億元，比2005年增加8.85億元；安排中科院知識創新工程試點工作39.1億元，比2005年增加6.4億元。

    （二）加大對科研機構的穩定支持力度

    科研機構是我國科技創新體系的重要組成部分，2006年針對科研機構發展中存在的一些突出問題，加大了對科研機構穩定支持力度，激發了科研單位自主創新活力，為其開展科學研究提供了有力保障。一是加大對中央級公益性科研院所的穩定支持力度，2006年中央財政新設“公益性科研院所基本科研業務費專項資金”，支持科研院所開展符合公益職能定位，代表學科發展方向，體現前瞻佈局的自主選題研究工作。二是安排中央級公益性科研院所離退休經費補助，明確了中央級科研院所離退休經費渠道問題，有效解決離退休經費擠佔在職人員正常事業費的現象。三是安排中央級科研院所研究生培養經費補助，解決科研院所研究生培養沒有專門的經費渠道問題。

    （三）加強對公益性行業科研工作的支持

    2006年中央財政新設“公益性行業科研專項經費”，並選擇部分公益特點突出、行業科研任務較重的部門，先行開展試點，支持其組織開展本行業應急性、培育性、基礎性科研工作，為行業發展提供有力的科技支撐。

    （四）加大對科研條件建設的支持力度

    2006年中央財政新設了“中央級科學事業單位修繕購置專項資金”，安排資金20億元，有效解決了科技基礎條件的“瓶頸”問題，提高了自主創新能力。同時，2006年安排科技基礎條件平臺建設專項經費7.54億元，支持建設，整合資源，建立共享機制，有力促進科研能力的提高。

    三、加強經費管理，提高財政科技經費使用效益

    2006年，對科技經費管理作了較大改革，不斷提高財政科技經費使用效益。

    （一）提出了關於改進和加強中央財政科技經費管理的基本思路

    2006年6月，財政部、科技部印發了《國務院辦公廳轉發財政部 科技部關於改進和加強中央財政科技經費管理的若干意見》。《若干意見》進一步明確了科技經費管理的思路和原則，即建立保障機制，完善財稅政策，經費分類管理，創新支持方式，強化財務監管，提高資金效益。一是完善科技資源配置機制。通過機制體制創新，加強部門之間、地方之間、部門與地方之間、軍民之間的統籌協調，促進全社會科技資源高效配置和綜合集成。二是對財政科技經費實行分類管理。將中央科技投入分為國家科技計劃（基金等）經費、科研機構運行經費、基本科研業務費、公益性行業科研經費、科技條件建設經費等五類。三是創新財政經費支持方式，推動産學研結合。四是健全科研項目立項及預算評審評估制度。建立健全專家諮詢、政府決策的立項機制,建立評審專家庫,全面實行網上申報,建立全國統一的科研項目數據庫。五是強化科研項目經費使用的監督管理。

    （二）改進科技計劃管理，建立新的國家科技計劃管理制度體系

    財政部與有關部門緊密配合，修訂了973計劃、863計劃、科技支撐計劃等國家科技計劃項目管理辦法，並承擔了相應的科技計劃經費管理辦法修訂工作。這些辦法目前已全部發佈並開始實施，形成了較為完善的科技計劃管理體系。