我國原有的預算科目體系是與傳統計劃經濟體制下的建設型財政管理體制相適應的，但隨著社會主義市場經濟體制的完善、公共財政體制的逐步確立，以及各項財政改革的不斷深入，弊端也越來越明顯：與市場經濟體制下政府職能轉變不相適應；政府職能活動無法通過預算完整反映出來；財政管理科學化和信息化受到制約；財政預算管理和監督功能弱化；不利於財政經濟分析與決策以及國際比較等。

    為解決原預算科目體系存在的問題，財政部從1999年底開始啟動政府收支分類改革的研究工作，2005年選擇了部分地方和部門進行模擬試點。2005年12月27日，經國務院批准，政府收支分類改革正式進入實施階段。

    改革主要包括三方面內容：第一，對政府收入進行統一分類，全面、規範、明細地反映政府各項收入來源。在原來一般預算收入、政府性基金預算收入、債務預算收入的基礎上，將預算外收入和社會保險基金收入納入了政府收支分類範疇，並按照科學標準和國際通行做法重新劃分。第二，確立新的政府支出功能分類，以便清晰反映政府職能活動的支出總量、結構與方向。新的支出功能分類不再按經費性質設置科目，而是按政府的職能設置，如國防、教育等。第三，確立新的政府支出經濟分類，明細反映政府各項支出的具體用途。如政府教育支出，究竟是蓋了校舍、買了設備還是發了工資，可通過經濟分類來反映。

    新的政府收支分類解決了支出預算"外行看不懂、內行説不清"的問題，有利於完整、清晰地反映政府收支規模和教育、科技、農業、社會保障等政府重要職能活動，而且還有利於提高預算透明度，合理配置政府資源，從源頭上防治腐敗。

    新的政府收支分類雖從2007年預算編制正式使用，但主要工作體現在2006年，這是2006年我國財政體制改革的重點。各級財政部門都將其作為頭等大事來抓，認真制定了工作計劃，各項工作有條不紊。一是及時出臺改革方案，精心設計報表軟體。為配合改革方案的理解與執行，財政部門組織編寫了《政府收支分類改革問題解答》等相關材料，研究制定了各類預算表格和參考樣表，完成了相關報表軟體的修改設計工作。二是全面進行改革動員，紮實組織業務培訓。初步統計，從2月份財政部啟動培訓到6月份培訓基本結束，僅各級預算、國庫、信息網絡中心、財政監察專員辦以及各部門、各預算單位組織的業務培訓，就達數十萬人次，是歷次財政改革之最。三是以新舊科目銜接為龍頭，成功實施預算執行數據轉換。為順利實現新舊科目的平穩過渡，財政部研究制定了新舊科目對照表。各地區和各部門在此基礎上，均結合實際情況制定了本地區、本部門的新舊科目轉換對應關係表等，確保了舊科目到新科目有跡可循、新科目到舊科目有史可查。

    經過各地區和各部門大量艱苦細緻的工作，政府收支分類改革的總體進展情況良好。