2006年，非稅收入收繳管理制度改革進度加快，成效顯著。中央級非稅收入收繳在所有中央部門已經納入改革範圍的基礎上，又有10個部門實施了非稅收入收繳改革，使改革實施部門擴大到42個。由35個財政部駐各地財政監察專員辦事處收取的三峽工程建設基金等8項非稅收入也實施收繳改革。納入改革的資金範圍已經涵蓋了行政事業性收費、政府性基金、專項收入、國有資源（資産）有償使用收入、罰沒收入、彩票資金收入及其他非稅收入等。隨著改革範圍的擴大，2006年通過非稅收入收繳管理系統實現的收入大幅度增加，全年實現收入579億元，是上年實現收入的3.7倍，比以往改革年度累計實現收入之和多出190億元。與此同時，為進一步深化非稅收入收繳改革，建立規範的國庫集中收繳制度，研究擬定了《政府非稅收入收繳管理辦法》和《中央級政府非稅收入收繳管理實施辦法》。

    地方進一步完善和推進非稅收入收繳管理改革，全國有十幾個省（區、市）和計劃單列市通過使用中央非稅收入收繳系統進行了改革，其他地方也積極探索了適合本地區情況的非稅收入收繳模式。在改革範圍不斷擴大的同時，實施改革的收入項目也逐步擴大到所有政府非稅收入。