中央補助地方公共衛生專項資金重點用於支持農村衛生事業、中西部地區醫療救治體系建設、貧困地區醫療救助、公共衛生體系建設、重大疾病預防控制、基層衛生人員培訓等項目。2003－2005年，國家共安排補助地方公共衛生專項資金85億元，有力地支持了衛生事業特別是中西部貧困地區衛生事業的全面發展。按照中央有關規定，新增衛生投入用於農村的比例不低於70%，而2005年中央補助地方公共衛生專項資金投入農村的比例已經達到90.4%。

　　中央補助地方公共衛生專項資金在安排上合理劃分了中央與地方的事權與財權，有利於建立公共衛生財政經費保障機制，避免了各類渠道資金在項目上的重復和交叉。（衛生部提供）