科技部加強了對重點領域和前瞻性基礎研究的支持，完善基礎研究的整體佈局，使我國的基礎研究能力得到很大提高。一是調整科技投入結構和支持方式。堅持項目、人才、基地相結合的原則，對高水平的基礎研究、基地和隊伍給予相對穩定的支持。二是改革基礎研究的評價制度。面向學科發展和科學前沿問題，堅持自由探索，發揮導向作用。三是加強基礎研究基地建設。加大科研儀器設備購置和基本建設投資，在新興交叉學科領域和我國相對空白的科研領域抓緊組建一批國家實驗室。四是制定基礎研究發展規劃和計劃，提出“十一五”期間973計劃的指導思想、戰略目標、重點方向和任務，以及保障順利實施的五點政策措施。2006年，973計劃批准了70個項目立項，啟動蛋白質研究、量子調控研究、納米研究、發育與生殖研究四個重大科學研究計劃，部署了40個項目，共安排經費40億元。國家自然科學基金提高資助力度，確定了7個重大研究計劃，共安排經費42.6億元。

    基礎研究成果數量和質量大幅度提高。我國科技論文被國際三大檢索系統收錄的總數已居世界前列，特別是SCI收錄的中國科學家論文數已與英、德、日三國相當，其中納米領域論文引用數進入世界前列。（科技部提供）