黨中央、國務院提出的建設創新型國家的戰略目標是民族振興的必然選擇。在這一偉大的歷史進程中，大學要全面發揮人才培養、科技創新、社會服務、引領文化等多方面的作用，特別要注重突出特色、發揮優勢，大力增強自主創新能力，為建設創新型國家提供強大的人才支撐和知識貢獻。
一是以“985工程”二期為契機，推進高校創新體系建設，産學研結合取得較大成效
高校創新平臺體系由三個“金字塔”和一個“平臺”組成。一個“金字塔”是指知識創新體系，它的頂層為國家實驗室和大科學中心，中層是國家重點實驗室，底層為省部級重點實驗室。另一個“金字塔”是指工程技術創新體系，頂層為國家工程研究中心和國家工程實驗室，下面依次是國家工程技術研究中心和省部級工程研究中心。第三個“金字塔”是哲學社會科學創新基地。一個“平臺”就是成果轉化與服務平臺，包括大學科技園、技術轉移中心等。目前，依託高校建設的國家實驗室3個，佔總數的一半；國家重點實驗室125個，佔總數的63.13％。依託高校建設的國家工程研究中心45個，佔總數的44％；國家工程技術研究中心37個，佔總數的27％。高校還建有國家大學科技園62家，國家技術轉移中心8個。另外，有關高校共建設985科技創新平臺252個。這些平臺經支持、培育，將通過競爭進入國家重點實驗室、國家工程中心等國家研發基地行列，有效地推動了高校科技創新能力的提升。
長期以來，高校與部門、企業、科研院所加強合作，積極探索建立産學研聯盟的新機制。所有高校都在不同程度上、通過不同方式與地方和企業建立了合作關係。自1996年以來，歷年高校科技總經費中均有50%左右來自企事業單位。2006年初，教育部與廣東省全面開展産學研合作，有力地促進了廣東省區域經濟的發展。高校加強與國內大企業集團的合作，如2006年底，西北大學牽頭承擔了中石化“十一五”重大研究項目，中石化投入研究經費1.5億元。
二是高等學校創新人才培養和傑出人才聚集取得巨大成績，取得了一批自主創新標誌性成果，解決國民經濟和社會發展重大科技問題的能力不斷增強
2006年，教育部繼續實施“高層次創造性人才計劃”。聘任了205名長江學者特聘教授和講座教授，支持高校優秀創新團隊63個，支持新世紀優秀人才918名。教育部與國家外國專家局共同實施了“高等學校學科創新引智計劃”，資助了51個學科創新引智基地。截至目前，共支持了77個學科創新引智基地。
2006年，在科技部等有關部門的大力支持下，高校作為基礎研究主力軍、高新技術研究重要力量的地位日益凸現。依託教育部立項的973計劃項目數為26項，佔當年項目總數的40%。此外，教育部還牽頭負責蛋白質研究、量子調控2個國家重大基礎研究計劃項目組織工作。全國高校共獲得國家傑出青年基金106項，佔當年總數的66.25%。高校承擔的863項目數比“十五”同期有明顯增長。積極組織高校圍繞國家目標，結合國家需求，通過産學研結合，爭取國家科技支撐計劃，並牽頭或參與承擔了一批國家科技支撐計劃項目。
2006年，南京大學和香港大學各獲得1項國家自然科學一等獎。哈爾濱工業大學獲得1項國家技術發明一等獎（專用項目）。清華大學和復旦大學作為第一單位各獲得1項國家科技進步一等獎。另外還有數項科技進步一等獎也有高校參與。
2006年，我國第一個採用純IPV6技術的下一代互聯網CERNET2主幹網建成開通並順利通過國家驗收，多項關鍵技術達到國際領先水平。中國教育科研網格（ChinaGrid）資源體系雛型基本形成，關鍵技術研究取得重大突破。
三是高等學校在國防工業現代化建設和保障國家安全方面正在發揮著日益重要的作用
為國防工業現代化和國家安全服務，是高等學校義不容辭的歷史責任，也是提高高等教育辦學水平和科技創新能力，建設世界一流大學和高水平大學的內在要求。經過較長時間準備，2006年12月，教育部召開了“高等學校國防科技工作會議”，總結了“十五”期間高等學校國防科技工作的成績與經驗，全面部署了“十一五”期間的高校國防科技工作。多年來，高校承擔了一大批國防預研、軍品協作配套、軍口973等重大科研任務，涵蓋了軍工科研的眾多領域和若干計劃，取得了一批重要成果，凝聚了一批科技創新人才，對於加快我國新軍事變革，推動國防科技現代化和武器裝備科研生産的跨越式發展，全面提升我國國防科技的整體實力和水平作出了重要貢獻。
四是積極推動地方高校科技工作，充分發揮他們在區域經濟中的作用
地方高校佔我國高校數量的95％，是我國高等教育體系的重要組成部分，是區域內知識創造、積累與傳播的重要基地，是科技創新、技術轉移和成果轉化的重要載體與平臺，是傳播科學精神、科學道德以及精神文明和文化建設的主要陣地，在全面建設小康社會的歷史進程中擔負著光榮而艱巨的使命。為了進一步加強地方高校科技工作，2006年，教育部和科技部聯合下發了《關於進一步加強地方高校科技創新工作的若干意見》，收到了良好的效果。各地區結合自身情況出臺了許多具體措施，正在貫徹落實。地方高校創新體系和創新能力不斷增強，在區域創新體系中的地位和作用更加重要。
