2006年，全國稅務系統認真貫徹稅收工作總體要求和全國整頓和規範市場經濟秩序工作的統一部署，堅持標本兼治、著力治本的原則，有重點、有步驟地開展整頓和規範稅收秩序工作，在不斷完善稅收法制、健全制度、理順機制的基礎上，通過稅收專項檢查、涉稅大案要案查處和區域稅收整治，促進稅收徵管秩序不斷好轉。全國稅務機關在整頓和規範稅收秩序工作中累計檢查納稅人102.65萬戶，發現有問題的納稅人49.33萬戶。各級稅務機關全年共查補稅款376億元。