2009年9月，衛生部制定下發《關於調整和制訂新型農村合作醫療報銷藥物目錄的意見》，要求各省（區、市）將國家基本藥物全部納入新型農村合作醫療報銷藥物目錄。到2010年1月底，大部分省（區、市）已經完成了新型農村合作醫療報銷藥物目錄的調整、制訂工作，並按要求在2010年度開始使用。

    2009年11月，人力資源社會保障部頒布的《國家基本醫療保險、工傷保險和生育保險藥品目錄（2009年版）》已將《國家基本藥物目錄》的所有治療性藥品全部納入，並列為甲類藥品。12月份，大多數統籌地區已開始執行使用《國家基本醫療保險、工傷保險和生育保險藥品目錄（2009 年版）》的甲類藥品。