隨著醫保覆蓋面的逐步擴大和醫保水平的逐步提高，醫保收入將逐步成為基層醫療衛生機構收入的主要來源。醫保通過購買服務的方式對所有基層醫療衛生機構（不分政府辦和社會辦）進行補償，主要方式有：加大報銷政策的優惠力度，改進完善付費方式和付費政策等。比如，結合國家基本藥物制度的實施和推進門診統籌，將醫保資金按服務人口總額預付給基層醫療衛生機構。