轉制院所最為突出的問題是，所承擔的具有戰略意義重大研發項目的作用和為行業技術服務的能力普遍減弱。

    主要原因是院所轉制後變成名副其實的企業，普遍把精力聚焦在市場上，追求利益最大化，考慮長遠利益和國家目標較少，無力顧及行業共性技術研發和服務；具有一定研發創新能力和産業化實力的行業大院大所，雖然在生存上不存在問題，經濟效益甚至比轉制以前還要好，但多半也是吃老本，有的已經顯現出技術儲備和後續研發能力不足的苗頭；轉制院所由原來為行業企業提供技術服務轉變為與同行業企業進行競爭，其最好的技術成果只會給自己專用，不會擴散到整個行業。

    國家應加強組織和領導，將轉制院所科研工作納入到國家研發創新的戰略規劃之中，並明確有關部門指導、協調其研發方向和內容，使其逐步擔負起重大工程技術、應用基礎研究和行業共性技術方面的引領作用。

    建立若干個行業前沿、關鍵、共性技術的研發基地。在“十一五”期間，加強戰略研究力量的集成，在院所改革的基礎上，以仍有一定實力的行業大院大所為依託，整合有關方面科研力量，重組形成若干個類似美國國家實驗室那樣的國家級行業前沿、關鍵、共性技術研發基地，專門承擔行業應用基礎研究、高技術研究、公益性技術研究、關鍵技術裝備研究和開發的任務，培養和穩定一批專門的研發人才。