社會組織的下設機構有違法行為，可否直接處罰下設機構？

不可以。

《社會團體登記管理條例》第十九條規定：社會團體的分支機構、代表機構是社會團體的組成部分，不具有法人資格，應當按照其所屬的社會團體的章程所規定的宗旨和業務範圍，在該社會團體授權的範圍內開展活動、發展會員。基金會的下設機構的法律地位與此相同。正是因為下設機構不具備獨立的法人資格，所以行政處罰的相對人不可以是分支機構和代表機構等社會組織下設機構，而應由社會組織來承擔相應的法律責任。