20世紀80年代初，為推動我國科技體制改革，變革科研經費撥款方式，中國科學院89位院士(學部委員)致函黨中央、國務院，建議設立面向全國的自然科學基金，得到黨中央、國務院的首肯。隨後，在小平同志的親切關懷下，國務院于1986年2月14日批准成立國家自然科學基金委員會（簡稱“自然科學基金委”）。

    自然科學基金委是管理國家自然科學基金的國務院直屬事業單位。自成立以來，在黨中央的關懷下，在國務院的正確領導和國務院有關部門及全國科學家的支持下，科學基金工作突破了計劃經濟體制下科研經費依靠行政撥款的傳統管理模式和管理理念，全面引入和實施了先進的科研經費資助模式，確立了“依靠專家、發揚民主、擇優支持、公正合理”的評審原則，建立了“科學民主、平等競爭、鼓勵創新”的運行機制，建立健全了決策、執行、監督、諮詢相互協調的科學基金管理體系，形成了“公正、奉獻、團結、創新”的委風，充分發揮了自然科學基金對我國基礎研究的“導向、穩定、激勵”的功能，不斷發展完善以學科體系為框架，價值評議和績效評估為依據的管理體系並制訂了一整套的自然科學基金管理辦法。同時，按照新時期我國科技工作的原則、方針和思路，根據全面建設小康社會的戰略需求，從國家創新體系建設的總體部署出發，確定了自然科學基金在國家創新體系中的戰略定位：“支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用”。

    自然科學基金堅持支持基礎研究，形成和發展了“項目”與“人才”兩大資助板塊：建立了以面上、重點、重大項目三個層次為主、一系列專項基金相互配合銜接的項目資助格局；通過實施吸引與培養優秀青年科技人才戰略，架構了以國家基礎科學人才培養基金、青年科學基金、國家傑出青年科學基金、創新研究群體科學基金構成的較為完整的人才培養資助體系。國家財政對自然科學基金的投入不斷增長，從1986年的8000萬元起步已增長到2005年的26.95億元，較大地改善了自然科學基金的資助環境，項目資助強度穩步提高。同時，科學基金工作緊緊圍繞實施源頭創新戰略，切實推進營造創新環境、凝聚優秀人才和培育創新文化三大計劃，推出了一系列新的舉措，在完善和發展科學基金制的實踐中又取得了新的成績。

    十幾年來，自然科學基金在推動我國自然科學基礎研究的發展，促進基礎學科建設，發現、培養優秀科技人才等方面取得了巨大成績；為提升基礎研究創新能力進行了有益的探索，積累了寶貴的經驗，為我國基礎研究的發展和整體水平的提高作出了積極貢獻。

    本世紀頭20年是我國經濟社會發展的重要戰略機遇期，也是我國科學技術發展的重要戰略機遇期。自然科學基金委將牢牢把握戰略機遇期，樹立和落實科學發展觀，弘揚科學基金工作優良傳統；按照“尊重科學，發揚民主，提倡競爭，促進合作，激勵創新，引領未來”的新時期工作方針，繼續深入實施科教興國、人才強國和可持續發展三大戰略，發揚求真務實的精神，堅持以創新能力建設為主線，以培養和造就大批創新人才為核心，以創新環境建設為重點，以機制和體制創新為保障，不斷完善和發展科學基金制，努力提高科學基金管理工作水平，為迅速提高我國的原始性創新能力，實現全面建設小康社會的奮鬥目標作出應有的貢獻。