以提高基因工程疫苗的免疫能力和安全性為目標，國家863計劃通過科研人員攻關建立了畜禽基因工程疫苗和免疫佐劑研發技術體系；口蹄疫和禽流感等一類傳染病基因工程疫苗的研究取得了重大突破，引導了新一代基因工程疫苗的發展方向，併為重大動物疫病的防制奠定了堅實的基礎。

    在克隆抗原或疫苗研製用相關基因的基礎上，構建了高效表達的穩定載體，建立並完善基因工程疫苗安全性評價體系和規模化生産工藝。

    （1）自主分離獲得禽源腺病毒，在進行基因物理圖譜定位的基礎上，構建具有自主知識産權的轉移表達載體。

    （2）gE-單基因缺失重組病毒疫苗株經滅活並製成油乳劑滅活苗，建立、優化、完善了重組病毒的技術平臺，技術含量和應用效果上的達到國內外的領先水平，並在中南、西南地區建造了GMP生産車間，已獲得GMP證書及生産許可證。

    （3）構建了穩定、高效表達的A型口蹄疫病毒多基因重組腺病毒，獲得了AsiaI型口蹄疫病毒多基因轉基因植物，在酵母菌中成功地融合表達了O型口蹄疫VP1與細胞因子IFN，從而為口蹄疫防制提供了強大的技術儲備。用青海血蜱和微小牛蜱的免疫基因進行原核表達或真核表達研究進展順利，抗蜱亞單位疫苗的研製成功，將對有效防制家畜血液原蟲病意義重大。

    （4）完成了禽傳染性支氣管炎冠狀病毒S1、M、N三個基因的真核表達質粒的構建，確定了含有真核表達質粒的大腸桿菌的發酵工藝，研製的DNA疫苗免疫攻毒保護率達到90%以上，安全性為100%。基本確定了疫苗的生産工藝，具有原始創新性。

    （5）建立了檢測血清抗體水平的ELISA方法、淋巴細胞轉化試驗、排卵減少率和綜合抗球蟲指數，有效防治了球蟲對雞的感染。

    （6）建立了快速、大批量體外篩選具有免疫刺激活性的CpG寡核苷酸（CpG ODN）的技術平臺，攻克了串聯的、多拷貝重復序列克隆技術難關，建立了富含CpG重組質粒基因工程菌150升高密度發酵工藝並自行創立了一種改進的鹼裂解質粒DNA大規模提取方法。