依據《海峽兩岸海運協議》第一條、第二條，議定具體安排如下：

    一、兩岸資本並在香港登記的船舶比照直航船舶從事兩岸間海上直接運輸，在進出兩岸港口期間，其船舶識別方式比照《港臺海運商談紀要》有關香港船舶的規定。

    二、目前已經從事兩岸試點直航（境外航運中心）運輸、兩岸三地集裝箱（貨櫃）班輪運輸、砂石運輸的兩岸資本權宜船，經特別許可，可按照本協議有關船舶識別等規定，從事兩岸間海上直接運輸。

    三、雙方現階段相互開放下列港口：

    大陸方面為六十三個港口，包括：丹東、大連、營口、唐山、錦州、秦皇島、天津、黃驊、威海、煙臺、龍口、嵐山、日照、青島、連雲港、大豐、上海、寧波、舟山、台州、嘉興、溫州、福州、松下、寧德、泉州、肖厝、秀嶼、漳州、廈門、汕頭、潮州、惠州、蛇口、鹽田、赤灣、媽灣、虎門、廣州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、欽州、海口、三亞、洋浦等四十八個海港，以及太倉、南通、張家港、江陰、揚州、常熟、常州、泰州、鎮江、南京、蕪湖、馬鞍山、九江、武漢、城陵磯等十五個河港。

    台灣方面為十一個港口，包括：基隆（含台北）、高雄（含安平）、台中、花蓮、麥寮、布袋（先採專案方式辦理）等六個港口，以及金門料羅、水頭、馬祖福澳、白沙、澎湖馬公等五個“小三通”港口。

    雙方同意視情增加開放港口。