目前，國務院學位委員會辦公室已經同意2007年度中國科學院研究生院在博士學位授權一級學科範圍內自主設置二級學科專業的備案，並予以公告。研究生院此次獲得備案的自主設置學科專業包括科學技術史一級學科下的科學史、技術史、醫學史與生命科學史、科學技術與社會4個專業以及化學一級學科下的生物無機化學專業。這也是研究生院首次在科學技術史一級學科範圍內自主設置二級學科專業。
2003年以來，研究生院已獲得國務院學位辦備案通過的專業包括在19個一級學科範圍內自主設置的35個學科專業，覆蓋7個學科門類，涉及到22個培養單位。自主設置學科專業工作不僅豐富了研究生院的學科專業種類，而且有力地推動了中科院交叉學科專業的研究生培養工作。
