內蒙古新型農村牧區合作醫療試點自2004年開展以來，試點旗縣已達12個，覆蓋農牧民人口201萬人，共有162萬農牧民參加了新型合作醫療，為農牧民補償醫療費用3058．9萬元，越來越多的農牧民得到了實實在在的好處。為加快我區新型農村牧區合作醫療制度的健康發展，明後兩年自治區將試點旗縣（市、區）覆蓋面擴大到40％到60％左右，使試點旗縣（市、區）達到39個。從2006年起，中央財政對中西部地區參加合作醫療農牧民補助從10元提高到20元，自治區、盟市、旗縣（市、區）財政年人均補助標準也要按10：5：5的比例預算落實，提高到20元，自治區財政還要對農牧業人口在6萬人以下的牧業旗縣人均再補助5元。經濟實力較強的地區地方財政可適當增加投入，並將增加的財政補貼主要用於大病統籌，最大程度地用到農牧民身上。