2006年5月9日-10日，交通部在北京組織召開“長江口深水航道治理工程成套技術”科技成果鑒定會。原全國政協副主席、中國工程院院士錢正英出席會議，交通部部長李盛霖在會上致詞，副部長翁孟勇主持了鑒定會的開幕式。中國國際工程諮詢公司常務副總經理胡希捷、有關專家學者、國家發改委、國家科學技術獎勵辦公室、交通部有關司局以及該工程十幾個項目承擔單位的代表參加了此次會議。
鑒定委員會由包括錢正英、潘家錚、周幹峙、劉濟舟、邱大洪、陳吉余、周君亮、梁應辰、李京文等9位院士在內的24位專家組成。中國科學院院士、中國工程院院士潘家錚任主任委員，交通部總工程師、交通部專家委員會委員曹右安和水利部原總工程師高安澤任副主任委員。
鑒定委員會審閱了《長江口深水航道治理工程成套技術（總報告）》及有關附件，觀看了工程錄像，聽取了成果完成單位代表、交通部長江口航道管理局總工程師範期錦關於成套技術科技成果的介紹，經認真討論，提出了鑒定意見。
鑒定委員會指出，長江口深水航道治理工程自上世紀50年代末即已開始現場勘測和試驗研究。通過7m水深航槽的開挖維護和“八五”期間的多學科聯合攻關，論證了選擇南港北槽作為深水航道進行整治開發的技術可行性。經國家批准，工程于1998年初開工並分期實施。一、二期工程共建設導堤、丁壩等整治建築物141.48km，疏浚土方9103萬方，工程總投資87.96億元。一、二期工程已分別於2002年9月和2005年11月通過竣工驗收，建成並成功維護了通航水深10.0m、底寬350～400m、長74.47km的雙向航道。
鑒定委員會認為，長江口屬豐水多沙、多級分汊、灘槽交錯、潮流徑流交互作用的巨型複雜河口，整治難度極大，國外尚無類似河口深水航道整治的成功經驗。工程的首要關鍵技術是科學論證深水航道的航槽定線和治理工程的總體佈置方案。通過長期的勘測資料分析和物理模型、數學模型等深入的試驗研究，在基本掌握水沙運動特點和河床演變規律的基礎上，提出了“在長江口總體河勢基本穩定的條件下，可以選擇北槽先期進行工程治理”的科學論斷，制定了“中水位整治、穩定分流口、採用寬間距雙導堤加長丁壩群，結合疏浚工程” 的總體治理方案。一、二期工程的建設和運行實踐表明，對於長江口這樣的巨型複雜河口來説，上述總體治理方案是國內外河口治理和深水航道建設前所未有的成功範例和重大創新。
鑒定委員會對長江口深水航道治理一、二期工程中取得的一系列的重要科研成果和技術創新成果進行了評價，對其中的重大關鍵技術進行了總結，主要有：
1、全沙模型相似理論和旋轉流場模擬等物理模型試驗技術，考慮徑流、潮流、波浪和鹽水等多因素共同作用的全沙數學模型，航道回淤預測數學模型，軟粘土地基在波浪重復荷載作用下軟化的加固處理技術等，均屬國內外首創的科技成果。
2、航槽護底軟體排結構及材料，充沙半圓體、半圓形沉箱、空心方塊等導堤結構，大型軟體排鋪設專用船，座底式基床拋石整平船，連鎖塊成片預製船上成型工藝等等，均屬原始創新或集成創新的新結構、新工藝和新設備。
3、無驗潮水下地形測量、長江口高程異常網等新技術的研發和應用，大批專用工程船舶的開發，不但克服了遠離陸域、水上作業的困難，保證了工程質量和生産安全，加快了施工進度，而且帶動了水運工程全行業的技術進步。
鑒定委員會指出，一期工程8.5米水深航道于2001年建成並投入使用；2004年5月10日宣佈按9.0m水深通航；二期工程10米水深航道于2005年6月17日建成並投入使用，至今實現了100％的通航水深保證率。項目分階段目標水深的逐步實現，已經帶來並將繼續發揮巨大的經濟效益和社會效益，投資效益極其顯著。進出長江口船舶的大型化、船舶航行速度和安全性的提高、運輸成本的降低、運輸組織的改善和服務品質的優化，不僅使相關産業直接得益，而且還促進了沿江地區的社會經濟特別是對外貿易和相關産業的發展。通過長江口的貨運量特別是集裝箱運輸量迅猛增長，在實現黨的十四大提出的“以浦東開發開放為龍頭，進一步開放長江沿岸城市，儘快把上海建成國際經濟、金融、貿易中心，帶動長江三角洲和整個長江流域地區經濟的新飛躍”的進程中，深水航道工程已起到了重要的支撐作用，工程實施中未發現負面效應。
鑒定委員會還對長江口深水航道治理工程下一步工作提出了建議，主要有：
1、在繼續開展現場檢測和相應的科研工作的同時，要密切關注長江徑流和泥沙的變化給長江口帶來的影響。
2、鋻於工程上遊南北港分流口河段河勢存在不穩定因素，建議抓緊實施白茆沙整治工程和南北港分流口整治工程。繼續進行長江口深水航道後續治理工程的研究。
3、及時總結吹泥上灘工程的經驗和存在問題，積極推進疏浚土有益利用工作，為發展循環經濟，保護生態環境，加快建設資源節約型和環境友好型社會作出應有的貢獻。
鑒定委員會認為，長江口深水航道治理工程決策正確，實現了理論、技術和工程管理的全面創新，效益巨大。該工程已經並將繼續為長江黃金水道建設、沿江港口發展、長江口綜合治理開發以及長江三角洲和長江流域經濟社會的發展發揮顯著的推動作用。長江口深水航道治理工程的成套技術，是一、二期工程成功建設的重要保障，是我國河口治理和水運事業的偉大創舉，是世界上巨型複雜河口航道治理的成功範例，該項科技成果總體上居於國際領先水平。
