科技部“水污染控制技術與治理工程”重大科技專項實施三年多來，共開發了11項技術含量高、應用前景廣的核心技術，申請421項發明專利，編制了各類水污染控制標準14項，建設了上百項較大規模的示範工程，形成了4個水污染控制技術研發基地，初步建立了水污染治理自主創新技術體系，帶動了我國水污染控制整體技術水平的提高。培養了83名博士後、360名博士研究生、637名碩士研究生和一批具有國際影響的中青年學術帶頭人，形成了一支高水平的水污染控制科技研發隊伍。

    專項取得的部分成果已經開始在我國水污染控制中發揮重要作用，一些水環境建設和規劃新理念已得到廣泛認同和採用，産生了重要的社會影響和技術帶動作用。例如，太湖示範區內水質得到明顯改善，水生生態系統功能得到初步恢復，帶動了無錫市五里湖周邊的經濟發展；武漢城市水環境質量改善課題的實施，催生了武漢漢陽新區的建設和發展，促進了武漢以水為核心的城市建設新思路和規劃的形成；飲用水安全保障課題的實施，為我國解決不同地區城市飲用水污染問題提供了技術支撐。特別是對松花江污染事件發生後的哈爾濱市恢復供水和松花江污染後續治理做出了重要貢獻。