進入“十一五”時期，在廈門市委、市政府的高度重視下，市科技工作迎來了一個快速發展的新時期。政府科技投入連續兩年大幅增長，科技平臺建設取得重大突破，創新項目取得了豐碩成果。

　　2006年、2007年是廈門市財政科技投入增長最快的兩年。2006年，市政府在科技投入法定增長的基礎上，增加了1億元用於重大科技基礎設施投入，使市科技局當年安排的科技創新與研發資金總額達到2.21億元，比增211.27%。2007年，市科技局當年安排的科技創新與研發資金總額達到2.54億元，比增14.93%。

　　2006年、2007年兩年廈門市還從國家科技部等部門爭取到科研經費共2.67億元。

　　近兩年，廈門市投入2.51億元建設十大科技平臺，帶動企業、科研院所等社會投入共計16.29億元；2006年資助88項企業項目3570萬元，引導企業投入共計17.62億元。2007年資助98項企業項目3500萬元，引導企業投入17.89億元。

　　高投入也帶動了科技創新。廈門市多家企業獲得了國家級工程技術中心、國家科技支撐計劃項目認定。2006年、2007年兩年市登記的科技成果分別達到127項和138項，連創歷年新高。

　　2008年廈門市財政科技投入將再創新高。預計今年科技創新與研發資金將可達3億元的規模。為了將資金使用得更科學更有效，對市科技計劃項目的評定進行了重大的改革。首先是由每年集中申報一次、評審1—2次的做法改為常年受理、分類多次評審；二是規範項目申報管理。將科技型中小企業技術創新資金項目統一納入市科技計劃項目範疇；三是鼓勵高校、科研院所等企事業單位開放大型科學儀器設備，資源共享；同時將資助領域和網上申報方式進行了科學調整。