甲型H1N1流感疫情發生以來，國家質檢總局按照黨中央、國務院的部署和要求，與有關部門密切配合，採取了以下一系列加強口岸防控的措施：

    進一步加強和完善入境旅客體溫檢測和醫學巡查。從4月25日至5月10日18時，國家質檢總局所屬各口岸出入境檢驗檢疫機構共查驗入境旅客5133236人，共發現入境發熱或急性呼吸道症狀者555人，均及時轉交地方衛生部門進行醫學觀察或隔離診治。

    進一步強化入境旅客健康申報。全面恢復入境人員填寫健康申明卡制度，並將“出入境健康申明卡”的相關信息匯總後及時提交當地衛生部門，以便追蹤調查。在4月30日從墨西哥經上海浦東機場轉機到香港後發病被確診的墨西哥旅客，以及我國內陸首例確診患者密切接觸者的追蹤過程中，口岸檢驗檢疫機構向當地衛生部門提供的入境旅客信息發揮了重要作用。

    進一步加強交通工具的消毒和旅客攜帶物的查驗。4月25日至5月10日18時，國家質檢總局所屬各口岸出入境檢驗檢疫機構共查驗航空器5790架次，船舶9774艘次，其他交通工具227606輛（列）；查驗旅客攜帶物95.8萬批次，截獲禁止入境物品12，876公斤，已作銷毀處理；查驗郵寄物16.3萬批次，截獲禁止入境物品188公斤，已作銷毀或退回處理。

    加強部門協作，建立口岸聯防聯控機制。在國務院應對甲型H1N1流感疫情聯防聯控工作機制框架下，成立了由國家質檢總局牽頭，外交部、公安部、交通運輸部、鐵道部、農業部、商務部、衛生部、海關總署、國家旅遊局、國務院新聞辦、國家民航局、國家郵政局等13個部委局為成員單位的聯防聯控機制口岸組，口岸組各成員單位加強協作，在及時提供航班和旅客信息、遠機位（泊位）停靠交通工具、登交通工具檢疫查驗、設置入境旅客專用通道、加強旅客攜帶物和郵寄物檢疫以及病人的轉送等方面發揮了重要作用，提高了防控工作的有效性。