2009年是中國水産科學研究院中長期發展規劃的貫徹落實年。水科院在農業部的正確領導下，以黨的十七大、十七屆三中、四中全會和中央農村工作會議、全國農業工作會議精神為指導，按照“堅持産業導向，突出自主創新，加強推廣應用，促進和諧發展”的工作方針，紮實開展各項科研工作，取得了豐碩的科研成果。

    水科院全年共獲得各級科技獎勵63項次（作為第一完成單位）。其中， “鱘魚繁育及養殖産業化技術與應用”、 “羅非魚産業良種化、規模化、加工現代化的關鍵技術創新及應用”2項科技成果榮獲國家科技進步二等獎，“海水養殖魚類遺傳資源發掘與推廣應用”等8項科技成果榮獲中華農業科技獎；共有38項成果獲省部級獎勵，接近2008年省部級以上獎勵數的2倍。

    2009年，水科院圍繞産業關注的六大重點領域和關鍵技術加強重大成果培育，進一步發揮院學術委員會的指導作用，推動學科、計劃與成果的整體運作，制定完善了全院重大成果培育計劃，提出了“十一五”後兩年重大成果培育的重點領域和方向。為建立健全成果集成培育機制，水科院制定了《關於加強全院國家級科技獎勵管理工作的意見》，實行重大獎勵申報工作計劃，建立起全院重大獎勵溝通協調機制及院務委員會審議機制。同時，通過前期介入，水科院進一步加強分析研究，加強與主管部門溝通交流，加強對重點項目的審核把關，認真參與重點材料的組織編寫。通過採取組織召開預評審和答辯會等具體措施，為全院科技獎勵取得豐碩成果奠定了重要基礎。