6月20日8時—21日8時，江西東部、浙江中部、廣西南部、福建西北部、湖南南部降了大到暴雨，其中廣西浙江江西等地局部地區降了大暴雨。最大點雨量為廣西靈山176毫米，江西資溪146毫米，浙江臨海124毫米。

    受強降雨影響，全國共有35條河流發生超警戒水位洪水，鄱陽湖、洞庭湖水位繼續上漲、尚未超警。其中江西全省26條河流超警，信江、撫河等6條河流發生超歷史實測記錄的大洪水，信江與撫河洪水發生頻率達到50年一遇特大洪水等級。福建閩江繼6月18日發生30年一遇大洪水之後，再次發生超警洪水，上遊支流富屯溪、建溪發生超保洪水。湖南湘江、資水等發生超警洪水，其中湘江全線超警。廣西西江支流柳江、桂江發生超警洪水，西江幹流水位止落回漲。

    中共中央政治局委員、國務院副總理、國家防總總指揮回良玉高度關注江西省防汛抗洪情況，于6月20日電話詢問江西省汛情災情及抗洪搶險救災詳細情況。他要求江西省要全力做好當前防汛抗洪工作，一要繼續及時轉移人員，組織好抗洪搶險；二要妥善安置群眾，保障群眾基本生活；三要加強監測預報，嚴防山洪地質災害；四要確保水庫堤壩安全，搞好巡堤查險；五要充分發揮黨員幹部和部隊作用，強化組織領導。

    6月20日下午，國家防總副總指揮、水利部部長陳雷從災區指導防汛抗洪工作返京後，立即主持召開國家防總緊急防汛會商會議，傳達貫徹落實中央領導的重要指示精神，再次對當前全國防汛抗洪搶險工作進行安排部署，要求務必做好八項工作：一是加強會商和監測預報，密切監視雨情、水情、工情、險情，加強預報，以利提前作出防汛決策和部署。二是加強江河堤防巡查防守和搶險，尤其要加大水位較高或薄弱堤段巡查密度，及早發現和迅速處理險情。三是全力做好水庫、水電站安全度汛工作，堅持24小時巡查制度，每個小水庫都要落實專人監守，落實搶險隊伍和物資，確保安全。四是加強山洪災害防禦，充分發揮已建監測預警系統的作用，及時發佈災害預警，落實預案和群眾避險防範措施。五是切實做好人員避險轉移工作，及時轉移山洪災害危險區、水庫下游威脅區、可能潰決圩堤內群眾，千方百計避免和減少人員傷亡。六是加強水利工程調度，電力調度要堅決服從防洪調度，適時攔蓄、調控洪水，在確保工程安全的前提下，最大程度地發揮水利工程的防洪減災作用。七是加強協助指導，水利部要舉全部之力，積極支援災區，國家防總、水利部工作組要加強對地方抗洪搶險工作的指導。八是國家防總要及時調撥防汛搶險物資，滿足地方防汛抗洪工作需要。

    會商會後，國家防總立即發出調令，要求三峽水庫減小泄量，減輕長江中下游防洪壓力，全力支持江西、湖南等地做好防汛抗洪搶險工作。同時向各流域防總發出通知，要求積極主動採取各項措施，切實加大防汛抗洪的指導力度，加強防洪工程的科學調度，全力支持地方做好防汛抗洪和搶險救災工作。

    應江西省防汛抗旱指揮部請求，國家防總于6月19日、20日、21日連續三次從中央防汛物資倉庫緊急調運防汛搶險物資，累計調運救生衝鋒舟130艘、40馬力船外機130台、橡皮舟290隻、9.9馬力船外機170台，船外機專用機油481箱，救生衣5000件支援該省抗洪搶險工作。

    6月20日—21日，江西省先後有3個萬畝圩和1個千畝圩因超標準洪水發生漫頂決口，當地政府提前轉移區內受威脅的3.6萬人，未造成人員傷亡。國家防總要求江西、湖南、福建等地進一步加大防洪工程的巡查和搶險力度，力求做到險情早發現、早處置。同時，要做好退水階段的堤防防守工作，克服麻痹思想，確保行洪安全。當日，南方受災省區共有28.02萬人投入到搶險救災和巡堤查險。其中，江西省有4.5萬人巡堤查險，20.8萬人搶險救災；湖南省有2.12萬人巡堤查險；福建省有0.6萬人巡堤查險。

    據國家防辦和民政部6月21日8時統計，6月13日以來發生的強降雨過程造成江西、福建、湖南等南方10省區遭受嚴重的洪澇災害，累計受災人口達2515萬人，農作物受災1361千公頃，因災死亡175人、失蹤107人，轉移人口171萬人，倒塌房屋14.4萬間，直接經濟損失約297億元。