8月8日,衛生部部長陳竺率領衛生部專家組一行13人抵達舟曲縣後,對所有住院傷員進行了檢查和會診。陳竺部長在聽取了衛生部專家組的傷情評估、治療意見和省衛生廳的救治計劃後,做出了將重症傷員轉運治療的決策。
8月9日中午14時,接到蘭州軍區空運飛行指令後,陳竺部長在省衛生廳廳長劉維忠及甘南州、舟曲縣相關領導陪同下,親自趕赴舟曲縣醫院和飛機降落點指揮傷員轉運工作。在舟曲縣醫院和飛機轉運點,陳竺部長親自指揮傷員轉運工作,並積極幫助抬送傷員。在蘭州軍區空軍的大力支持下,經過近兩個小時緊張工作,9日下午18時許,19名傷員和17名陪員在醫務人員的護送下,搭乘4架直升飛機分別轉運至蘭州和天水進行救治。由於天氣原因,蘭州機場不適於降落,所有傷員于當晚8時許全部安全降落天水市,收住當地醫療機構。省衛生廳派出醫療專家連夜趕赴天水市指導傷員救治工作。另,截至10日上午10:30時,由急救車隊轉運的13名傷員也安全轉運到蘭州進行救治。
此次傷員轉運後,舟曲縣還有10名輕傷員,將根據傷員傷情和個人意願,隨時轉運蘭州治療。