檢查組將對中央列舉的17大項21小項強農惠農資金和湖南省確定的重點檢查項目的資金安排、管理、使用、撥付情況進行檢查。重點檢查3個方面的內容，即：檢查強農惠農資金的管理制度是否完整，項目申報、審批、分配是否符合規定，是否存在多頭申報，套取資金等行為；檢查財政部門資金撥付原始憑證，看資金是否及時撥付，資金管理使用單位是否按照規定設置專用賬戶實行專項管理和核算，是否存在設賬外賬，是否存在截留、擠佔、挪用強農惠農資金等問題；檢查項目單位強農惠農資金是否及時足額落實到戶到項目，項目工程是否招投標，是否按要求進行預算投資評審，竣工後是否進行決算，資産入賬是否及時，管護措施是否建立，項目資金是否存在虛報冒領、濫發補貼津貼、套取資金等問題，是否存在滯留、資金使用效率較低的問題。檢查組如果在檢查中發現重大違紀違規問題，必要時還將追索和延伸到以前年度進行檢查。