11月9日，國務院六部委聯合頒布《南水北調東線一期工程治污工作目標責任考核辦法》，以加強和規範南水北調東線一期工程治污考核工作，保證東線治污目標的實現，為東線一期工程如期通水創造條件。

    《辦法》明確，東線一期工程治污工作目標責任考核以國務院批復的《南水北調東線工程治污規劃》、《國務院批轉南水北調辦等部門關於南水北調東線工程治污規劃實施意見的通知》（國函[2003]104號）以及江蘇、山東省的《南水北調東線工程治污工作目標責任書》、《南水北調東線工程控制單元治污實施方案》為依據，以實現2013年底前控制單元治污方案確定的治污項目全部建成並達標排放，控制單元各斷面水質及入河排污總量達到規劃治理要求，輸水幹線全線達到III類水質標準為目標。江蘇、山東省政府是實施東線治污工作的責任主體，對本轄區內的治污工作負總責。沿線各級政府對轄區內控制單元治污目標負責。

    考核內容包括項目指標和水質指標。其中，項目指標是治污項目建設及運行情況，包括工業結構調整、工業綜合治理、城鎮污水處理及再生利用、截污導流、流域綜合整治和垃圾處理設施建設等項目。水質指標是各控制單元考核斷面水質綜合達標率，考核指標為COD（高錳酸鹽指數）和氨氮。考核工作採用量化的百分制記分，其中水質指標70分，項目指標30分。考核結果分為好（80分以上）、較好（70分以上，80分以下）、一般（60分以上，70分以下）、差（60分以下）。考核結果為差的認定為未通過考核。

    考核工作由環境保護部負責會同發展改革委、監察部、住房城鄉建設部、水利部和國務院南水北調辦組成考核組進行。有關部門根據職責分工，分別就有關工作提出考核意見，經考核組匯總後提出考核報告，並向國務院報告，經國務院同意後向社會公告。考核結果將交由幹部主管部門，依照中組部印發的《體現科學發展觀要求的地方黨政領導班子和領導幹部綜合考核評價試行辦法》，作為對江蘇、山東省政府領導班子和領導幹部綜合考核評價的重要依據。

    為切實加強南水北調東線治污工作，確保東線一期工程2013年通水水質目標，2010年6月，國務院南水北調辦、國家發展改革委、監察部、環境保護部、住房城鄉建設部、水利部六部委印發了《關於進一步深化南水北調東線工程治污工作的通知》。《通知》要求，一是強化治污責任，進一步加快在建規劃治污項目建設；二是充分發揮已建治污工程效益，鞏固已有治污成果；三是深化治污理念，持續紮實做好東線治污環保工作。國務院有關部門將對治污工作情況進行考核。