日本東北部地區3月11日遭受芮氏8.8級特大地震及海嘯災害，包括首都東京在內的大部分地區受災嚴重。3月12日，中國科學院院長白春禮代表中國科學院向日本文部科學省、東京大學、理化學研究所、東北大學等有關單位和友好人士致電表示親切慰問。白春禮在慰問電中向在本次災害中的遇難者表示哀悼，並表示中日兩國科技界有著良好的交流與合作關係，中國科學院願向日方提供必要協助，祝願日本人民能夠早日戰勝災害，重建家園。
地震發生後，中國科學院國際合作局亞非處全體同志自發到辦公室值守，緊急確認中科院赴日團組的安全情況，同時還向日本駐華科技機構代表以及在中科院研究所工作的日本專家表示慰問。在得到南海海洋所要求核實該所在日本仙臺失去聯絡的兩位留學生安全情況的求助電話後，亞非處迅速撥通中國駐日本大使館科技處的電話，請其提供必要協助。經多次詢問，截至發稿時，目前中科院赴日團組和在日工作的科研人員和留學生尚無人員傷亡。
