2006年2月10日，國務院對國家發展改革委、水利部、環保總局和南水北調辦商有關部門報送的《關於丹江口庫區及上游水污染防治和水土保持規劃的請示》（發改地區[2006]104號）進行批復（國函[2006]10號），原則同意《丹江口庫區及上游水污染防治和水土保持規劃》（以下簡稱《規劃》），並要求湖北、河南、陜西省人民政府和國家發改委、水利部、環保總局、南水北調辦等10部辦委局認真組織實施，力爭通過5到15年的努力，確保丹江口庫區水質長期穩定達標，庫區及上遊地區水土流失得到有效治理，生態環境得到明顯改善。

    國務院從七個方面對《規劃》請示進行了批復。批復指出，《規劃》是丹江口庫區及上游水污染防治和水土保持工作的重要依據。《規劃》的實施，要立足當前，著眼長遠，突出重點，統籌安排，強化管理。要遵循“預防為主、保護優先”的原則，防止産生新的污染源和水土流失，切實做好近期防治工作，加強水源地保護。

    批復明確，河南、湖北、陜西省人民政府是《規劃》實施的責任主體，《規劃》涉及的近期項目納入南水北調中線一期工程總體方案，與南水北調主體工程同步實施，所需資金列入南水北調中線一期工程總投資，從中央財政、地方自籌和社會融資等多渠道籌措。遠期項目逐步納入地方國民經濟和社會發展規劃。

    批復要求，三省人民政府和國務院有關部門要加強對《規劃》實施的領導和協調，建立聯席會議制度，要將《規劃》內容納入地方“十一五”國民經濟和社會發展規劃，並結合本地區實際制定實施計劃，逐級落實防治目標和任務。

    批復強調，對《規劃》中涉及的建設項目，要認真做好前期工作，合理確定建設規模和投資，並按基本建設程序報批後逐步實施。項目建成後，要加強運營管理和監督，充分發揮投資效益。各有關地區和部門要加強領導，統籌協調，密切配合，共同努力，確保《規劃》順利實施，確保南水北調中線調水水質安全。