即將於７月１日開通的深圳灣口岸，將成為國內首次採用深港“一地兩檢”作業模式的口岸。海關將在深圳灣口岸設立深圳灣海關，配備６８０名關員，並著手編寫《深圳灣海關業務規範手冊》。
為了適應人流、物流的大出大進，構建良好的通關環境，海關對口岸通關模式作了大膽的探索與創新，如“重車自主選擇通道通關模式”、“智慧告知管理系統”、“實施集中查驗、通道職能分離運作模式”、“風險管理和綜合統計整合”。目前上述項目已擬定方案，正在進一步完善。海關正在加緊與香港海關聯絡配合，建立更廣範圍的兩地協作溝通和行政互助機制，以使深圳灣口岸深港海關環節通關效能達到最大化。
