2003年是審計機關成立20週年。全國審計機關緊緊圍繞經濟工作中心，進一步突出對重點領域、重點部門、重點資金的審計監督，加大對重大違法違規問題和經濟案件的查處力度，審計工作取得了新的進展。全國共審計10萬多個單位，查出各類違規資金3100多億元。經過處理，已上繳財政100.2億元，減少財政撥款和補貼5.7億元，歸還原渠道資金59.2億元，向紀檢司法機關移送各類違法犯罪案件線索1182件。審計工作在維護財經紀律，促進廉政建設，推進依法行政，保障國民經濟持續健康發展方面發揮了重要作用。
以揭露預算分配和管理中深層次問題為重點，進一步深化了預算執行審計
2003年的預算執行審計，在總結以往經驗的基礎上進一步深化和發展，審計重點更加突出，效果更加明顯，社會影響進一步擴大。中央預算執行審計呈現三個比較突出的特點：
一是把揭露預算分配和管理中的問題作為工作重點。這次審計反映的許多問題都是涉及預算分配和管理中的深層次問題，如審計揭露的財政部、原國家計委等部門在年初安排預算時，未將資金及時批復到具體部門和項目，有380多億元在年度執行中通過追加的方式再進行分配的問題，引起全國人大、國務院及有關方面的高度重視，對於進一步規範預算管理，提高預算分配到位率，起到了積極的促進作用。
二是加大了對中央補助地方支出的審計力度。採取上下聯動的方式，進一步加強了對這部分支出的審計，揭露了有些項目重復設置、多頭審批，有些資金分配超越範圍，甚至向本系統傾斜等問題，促進有關部門進一步整合歸併項目，嚴格資金分配管理。
三是加大了對中央二三級預算單位的延伸審計力度。共延伸檢查了216個二三級預算單位，查出違規資金37億元，發現和揭露了一批嚴重違法違規問題，促進中央部門加強了對所屬單位的預算管理。國務院各部門對預算執行審計發現的問題十分重視，積極進行糾正和整改。截至目前，已上繳財政各項資金77億元，歸還原渠道9億元，移送案件83起，有545人（次）受到黨紀政紀處分或被追究刑事責任。
地方審計機關在2003年的預算執行審計中也進行了一些新的探索，進一步提高了審計效果。各地以財政、稅務部門的審計為主導，以部門預算執行情況審計為基礎，加大了對專項資金、重點建設項目的審計力度，預算執行審計工作體系進一步完善。審計深度進一步加大，對財政部門的審計逐步從單純的合法性審計向規範管理方向邁進，並注意加強了對財政管理改革有關內容的審計。如北京、湖北、四川、遼寧等地圍繞財政改革，進一步拓寬審計領域，加強了對部門預算、政府採購、會計核算中心等的審計力度，取得明顯效果。
以社會關注的焦點、熱點、難點為突破口，發揮專項資金審計為國家宏觀經濟管理服務的作用
2003年，全國統一組織對國債資金、土地出讓金等6項重點專項資金以及武警消防系統財務收支進行了審計和調查。工作中注意把審計與審計調查、查處違法違規問題與檢查資金使用效果、揭露問題與從管理和機制上深入分析原因結合起來，收到了較好效果。
對683個環保及公路國債建設項目進行審計和調查，揭露和反映了部分國債項目建設進度緩慢，管理不規範，營運效果差，以及中西部一些地區公路建設負債規模過大，拖欠貸款和工程款現象突出等問題。
審計10個城市國土出讓金管理使用情況，並對國家徵用農村集體土地補償政策的落實情況進行審計調查，發現一些地方非法買賣土地、違法“圈地”、亂佔耕地，以及低價補償或截留挪用農民徵地補償費問題突出，審計結果引起了國務院及有關部門的高度重視。
審計592個國家扶貧重點縣扶貧專項資金的管理使用情況，發現的突出問題是，一些地方扶貧貼息貸款投向不合理，主要投向了工業、電力、通訊、交通等基礎性和競爭性行業，而用於扶持農戶的小額貸款卻逐年萎縮，不利於國家扶貧政策的貫徹落實。
審計13個省市的社會保障資金，通過從總體上掌握和分析社保資金狀況，揭露和反映了由於統籌級次偏低，造成社保資金互濟性差，基金結余與缺口現象並存等突出問題。
對19個省（市、區）武警消防系統財務收支情況及部分地區消防建設情況進行審計和調查，查出和反映了一些地方對消防建設重視不夠，投入不足，造成消防站點建設不達標、消防裝備缺口大，給生産和社會安全造成一定隱患等問題，引起有關方面的高度重視，公安部消防部門專門下發了《關於切實加強消防部隊財務管理工作的通知》，不少地方政府已開始撥出專款，加強消防設施建設。
根據黨中央、國務院的要求，審計署及時組織全國審計機關對防治非典專項資金及社會捐贈款物的籌集分配與管理使用情況進行了專項審計，並首次將審計結果向社會公告，標誌著審計結果公告制度正式啟動。
地方審計機關除參加審計署統一組織的審計外，還結合本地實際，積極開展了其他專項資金的審計。如廣東、安徽、江蘇等地開展了水利建設資金、抗洪救災資金的審計，山東、雲南、寧夏等地組織了失業保險基金和城鎮居民低保資金審計，湖北、江西等地分別審計了農村稅費改革轉移支付資金和移民建鎮資金，這些審計都取得了很好效果，為規範專項資金管理，提高財政資金使用效益發揮了積極作用。
以金融領域出現的新情況、新問題為切入點，強化了金融審計
2003年，全國統一組織對工商銀行總行及21個分行和中國人壽保險公司系統進行了審計。為了適應金融機構信息化快速發展，會計數據高度集中的新情況，在工行審計中，嘗試開展了以總行為龍頭、實行聯網審計的審計組織方式，取得了較好效果。審計發現的突出問題：一是信貸業務中出現了一些新的風險點，突出表現在，一些單位和個人通過偽造虛假資料，騙取住房和汽車等個人消費貸款，一些地方政府超越自身還貸能力，向銀行申請鉅額市政設施建設貸款。二是票據市場管理混亂，一些企業通過開具無真實貿易背景的銀行承兌匯票，大量套取信貸資金。三是不法分子與銀行內部人員串通，利用關聯企業騙貸，造成信貸資金損失嚴重。
對人壽保險公司資産負債損益情況的審計，主要查出非法代理、超額退保以及違規運用保險資金等問題。
地方審計機關除參加人壽保險公司的審計外，還從本地實際出發，對地方商業銀行、城市信用社、農村信用社及其他非銀行金融機構進行了審計，在促進金融改革和防範金融風險方面發揮了作用。
2003年，全國審計機關共對585個國外貸援款項目進行了審計。審計署還組織28個省對地方政府外債管理體制進行了專項審計調查，促進加強了政府外債的管理。
以保證國有資産安全和保值增值為目的，加大了企業審計力度
根據中組部的委託，2003年審計署組織16個省、18個特派辦和有關社會審計人員2000多人，對原國家電力公司領導班子進行了任期經濟責任審計。該公司資産總量達1.4萬億元，審計歷時8個多月，審計的資金面佔60%。為了搞好這項審計，組織進行了週密的審前調查，制定了針對性和可操作性強的審計方案，並注意加強協調指導。廣大參審人員克服審計任務重、實施時間長、異地工作等困難，較好地完成了審計任務。從初步匯總的情況看，這次審計發現的主要問題：一是損益不實，少計利潤數額較大；二是疏于管理，重大案件較多，僅審計發現並通過《審計要情》上報國務院的案件已有13件，涉案金額10億多元；三是國有資産流失嚴重，主要是亂投資、亂借款、亂擔保形成的損失比較大。
地方審計機關圍繞本地經濟工作中心，進一步加強了企業審計。如上海對3家政策性虧損企業進行了審計，天津對10戶大型企業集團國有資産授權經營情況進行了審計調查，陜西對16戶省屬大型企業集團對外投資效益進行了審計調查，安徽、河南對全省糧食購銷企業虧損挂賬情況進行了清查審計，這些工作為促進深化國企改革，提高經濟運行質量和效益，發揮了積極的作用。
以強化對權力的制約和監督為目的，穩步推進對領導幹部的經濟責任審計
各級審計機關繼續認真搞好縣以下黨政領導幹部和國有企業領導人員的經濟責任審計，同時進一步擴大縣以上黨政領導幹部經濟責任審計試點。1至11月，全國共對2.6萬多名領導幹部進行了經濟責任審計，查出違規資金586億元，建議給予黨政紀處分163人，移送紀檢監察和司法機關查處463人，受到降職撤職處分的203人。全國除個別省區外，都進行了縣市長經濟責任審計試點。審計署研究制定了《黨政領導幹部經濟責任審計指導意見》，12個省市出臺了縣以上領導幹部經濟責任審計的相關制度規定。中央和各地五部門聯席會議加強了對經濟責任審計工作的調查研究和協調指導，進一步推動了這項工作的深化和發展。
進一步強化了審計基礎建設
2003年，在認真抓好各項審計業務工作的同時，審計機關的基礎建設進一步加強。結合審計機關成立20週年，審計署在認真總結審計工作經驗的基礎上，集中力量研究制定了審計工作五年發展規劃，明確了2003至2007年審計工作的指導思想、總體目標和主要任務。審計署組織對18個特派辦和已實行審計外勤經費自理的10個省市審計機關開展了專項檢查，促進了“八不準”審計紀律的進一步落實。根據國務院的統一部署，審計署對成立以來發佈的規章進行了全面清理，結合實際制定了《審計署關於內部審計工作的規定》和《審計機關審計項目質量控制辦法（試行）》，修訂了審計抽樣等5個準則，進一步完善了審計工作的法規依據和作業標準。
