１９６０年到１９６４年，為了貫徹國民經濟調整的方針，進行了建國後的第三次較大機構改革。

    一是先後在中央和地方各級機關進行了兩次比較集中的幹部精簡運動。第一次是１９６０年７月至１９６１年９月，主要集中在中央一級機關。這次幹部精簡以事業單位為重點，對行政部門和事業單位同時進行精簡。經過一年多的努力，在機構方面，中央各部門司局級機關減少１５％，事業單位減少２６％；行政機關精簡１．６萬餘人，事業單位精簡６．５萬餘人。第二次精簡從１９６２年２月至１９６４年，範圍包括中央和地方各級機關。經過近兩年時間的努力，中央國家機關在１９６１年精簡的基礎上，又精簡了１萬人。全國共精簡８１萬人。精簡下來的幹部大多數充實到基層和生産第一線。

    二是中央收回五十年代後期下放給地方的權力並恢復被撤銷的機構，到１９６５年底，國務院的機構數達到７９個，為建國後的第二次高峰。