2006年6月7日，由衛生部牽頭會同有關部委，參加APEC組織的應對流感大流行演練。演練由設在澳大利亞堪培拉的指揮中心總協調，APEC全部21個成員均參加了演練。中國、智利、印度尼西亞、日本、韓國等8個經濟體被指定為主要參與方，其餘APEC經濟體作為次要參與方。

    在2005年11月19日舉行的APEC領導人非正式會議上，此次APEC流感大流行演練作為APEC《釜山宣言》的一部分得到各方認同。衛生部高度重視此次演練，組成了有外交部、農業部、質檢總局、民航總局等部局參加的演練領導小組，下設辦公室和專家組，協調鐵道部、交通部共同參與，並於6月5日進行了預演和培訓。

    此次演練的主要目標在於測試APEC各經濟體對流感大流行的反應和溝通能力，重點考核信息共享和參與區域合作，以及向相鄰經濟體和其他區域夥伴提供支援的能力。此次演練的背景設計為禽流感病毒已經變異，並造成了人與人傳播，在局部地區擴大為流感大流行。

    正式演練從上午9時開始,下午3時結束,持續6個小時。演練過程中，共收到由澳大利亞演練指揮中心發來的傳真指令8件及電話通知8次，要求對指令的內容在2小時內給予回復。指令內容包括：WHO已將全球流感大流行預警級別提高到了第五級（出現局部地區的聚集流行，但人與人之間的傳播仍較局限。表明禽流感病毒正在逐漸適應人類，具有全球大流行的潛在危險），考量我國政府反應是否及時和如何應對，是否考慮提高我國的預警級別；要求我方核實10名來華旅遊的外籍人士其健康狀況；在我國接收外籍禽流感患者後，對其乘坐的交通工具應採取何種防控措施；在有疫情傳聞的經濟體舉辦體育賽事，我國將持何種態度等。專家組均根據我國有關法律、法規、預案、《國際衛生條例》和流感大流行準備計劃進行了論證，提出應對的策略和防控措施，及時作出反應和回復。