增值稅作為我國主體稅種，稅收收入約佔全部稅收的50%，加強增值稅的徵收管理意義重大。近年來，各級稅務機關以進一步完善“一窗式”管理為龍頭，加強農副産品收購發票、廢舊物資收購發票、貨物運輸發票、海關代徵增值稅專用繳款書及稅務機關為小規模納稅人代開增值稅專用發票的管理，推動增值稅管理水平再上新臺階。
以完善“一窗式”管理為龍頭，全面提高增值稅管理水平。“一窗式”管理模式，就是稅務機關以信息化為依託，通過優化整合現有徵管信息資源，統一在辦稅大廳的申報徵收窗口，受理增值稅一般納稅人納稅申報（包括受理增值稅專用發票抵扣聯認證、納稅申報和IC卡報稅）和稅款徵收，進行票表稅比對、比對結果處理等工作。
從2003年7月開始，全國5213個辦稅大廳按照總局的統一要求全面推行了增值稅申報納稅 “一窗式”管理模式，增值稅申報納稅各環節工作銜接順暢，徵收窗口一窗式票表比對工作進展順利，成效顯著。據統計，僅從2003年8月徵期至12月徵期，在徵收窗口通過增值稅票表比對發現異常補繳的稅款就有約44.5億元。2004年各地實現了“一窗一人一機”模式，同時將農産品收購發票、廢舊物資收購發票、貨物運輸發票、海關代徵增值稅專用繳款書等非增值稅專用發票抵扣憑證納入“一窗式”票表比對範圍。2005年，總局在總結各地實踐經驗的基礎上，制定了規範統一的《增值稅一般納稅人納稅申報“一窗式”管理操作規程》，為配合稅控收款機和一機多票等工作，擬將普通發票納入“一窗式”票表比對，並即將對增值稅小規模納稅人申報納稅實行“一窗式”管理。
在推行增值稅納稅申報“一窗式”管理的過程中，稅務機關信息資源得以共享，稅務機構設置更加規範，國、地稅局協作進一步加強，納稅人稅法遵從度有所提高，科學的現代稅收管理理念得以進一步體現，形成了“以票控稅、網絡比對、稅源監控，綜合管理”的增值稅徵管體系。
強化“四小票”及稅務機關為小規模納稅人代開增值稅專用發票的監控，提高對抵扣憑證的管理水平。隨著增值稅專用發票管理的不斷加強，涉稅違法犯罪分子把犯罪的“黑手”伸向“四小票”。為進一步加強對“四小票”等抵扣憑證的管理，堵塞稅收漏洞，總局採取了一系列措施，加強“四小票”管理。
一是將海關代徵增值稅專用繳款書納入稅控管理。為保障數據的完整性和準確性，2005年建立了稅務總局與海關系統數據的對賬機制。總局還制定了《進口增值稅扣稅憑證開具及稽核業務需求》，以儘早實現進口增值稅扣稅憑證的電子採集，提高稽核比對相符率。二是將廢舊物資收購發票納入稅控管理，以全面實現稅控管理和電子信息採集。三是在全國範圍內統一了貨物運輸發票，並準備將貨物運輸發票納入稅控管理。同時，積極開展貨物運輸發票審核檢查工作。針對部分地區未按規定對比對異常貨物運輸業發票進行審核檢查的情況，研究制定了《國家稅務總局關於進一步加強貨物運輸業發票審核檢查工作的通知》，對2005年比對異常的貨物運輸發票，集中時間、集中力量進行審核檢查。針對貨運發票只比對發票號碼、未比對發票代碼，造成重號發票較多的問題，總局對貨運發票採集比對軟體進行升級，將貨物運輸發票代碼和發票號碼均納入比對，降低了貨物運輸發票比對不符重號票的比率。此外，針對聯運發票信息未納入貨物運輸發票信息比對管理的情況，及時對此項業務進行了改革，有效完善了增值稅抵扣管理。2005年1-10月份，全國交通運輸業營業稅收入312.9億元，比上年同期增長20.8%。四是稅務機關為小規模納稅人代開增值稅專用發票。從2005年1月起，將稅務機關代開增值稅專用發票統一納入防偽稅控系統管理，全面實現了代開專用發票的稅控管理和電子信息採集，稽核比對相符率保持在99.9%。
加強對異常增值稅抵扣憑證的審核檢查。對稽核比對異常的增值稅抵扣憑證審核檢查工作是稅務機關日常工作的重點之一。為加強對稽核比對異常的其他抵扣憑證的審核檢查工作，總局先後下發了《國家稅務總局關於增值稅專用發票和其他抵扣憑證審核檢查有關問題的通知》、《國家稅務總局關於增值稅專用發票和其他抵扣憑證開展審核檢查的通知》、《國家稅務總局關於增值稅專用發票和其他抵扣憑證審核檢查有關問題的補充通知》，進一步完善了增值稅其他抵扣憑證審核檢查。各級稅務機關採取措施，每票必查，對異常增值稅抵扣憑證查深、查細，並同納稅人的有關購銷合同、賬務處理、資金往來、入庫實物等結合起來進行核查，查清原因，同時找出工作中的不足和漏洞，提高了稅收管理水平，取得了較好的效果。
截至2005年9月底，國稅機關其他抵扣憑證審核檢查累計完成740.41萬份，其中完成審核檢查稅務機關為小規模納稅人代開增值稅專用發票94.03萬份，完成廢舊物資發票244.79萬份，完成海關代徵進口增值稅專用繳款書126.92萬份，完成貨物運輸發票274.67萬份。累計查補稅款5.9億元，滯納金362萬元，罰款1664萬元，移交稽查立案查處發票28254份。
