國家科技支撐計劃農業領域項目系統開展了耕地質量退化及其機制的研究，初步探明了紅壤旱地、砂姜黑土等土壤退化的主要原因及其影響因素，明確了耕作措施不當、施肥比例失調、有機質投入不足等因素是導致其退化的主導因子。研究建立了障礙農田土壤質量評價體系，包括農田土壤障礙因子診斷與耕地土壤質量評價的關聯、土壤障礙因子的耕地土壤質量評價最小數據集等指標，並進行了初步驗證。利用在全國不同地區建設的長期定位試驗，開展了耕地質量退化機理、耕地地力提升與保育技術研究，完善了鹽鹼地障礙因子消除與水肥鹽耦合調控技術模式。研製開發了系列土壤調理劑，部分調理劑對土壤質量改善具有較好效果。開展了區域耕地地力提升與退化耕地修復模式研究，並針對不同區域退化耕地狀況，初步建立提出了10余套適應性強、效果好的耕地質量提升技術，取得了較好的效果。

    採用GIS定位，綜合考慮種植制度和土壤類型，開展了中量元素有效性的區域化分佈特徵、中量元素肥料開發及高效施用技術研究，作物微量元素診斷及缺素防治技術研究。開展了根際養分活化與調控技術研究，並提出了相應的策略。開展了畜禽糞便資源量及其中重金屬等有毒有害物質狀況調查。針對禾本科作物秸稈難腐解的難題，採用外淘汰技術在好氧（振蕩培養）和微好氧（靜止培養）的條件下篩選出較強的纖維素和秸稈降解複合菌係，共分離到性狀不同的真菌79株、細菌15株、放線菌7株。

    開展了豬糞好氧堆肥過程中主要物質變化規律研究，認為60%含水率更有利於豬糞好氧堆肥。分別在天津、河南新鄉和福建詔安建立了養殖場廢水處理設施，初步完成了豬場污水懸浮物的粒度分佈測試和沉澱性能測試。研究了不同施氮量下，不同水稻生育期氮素向環境排放通量，包括氨揮發通量、N2O排放通量和硝酸鹽下滲通量。選擇8個重金屬吸收量較低的水稻品種，比較了不同類型材料對重金屬的原位鈍化效果。圍繞農田水、肥優化管理、有機廢棄物資源化利用、農藥替代、病蟲草害綜合控制、品種篩選、污染土壤修復等示範內容，重點在示範區建設和技術集成層面上開展了相關研究，並取得了區域效果。