在公共衛生方面，2006年，中央財政在2003－2005年已安排公共衛生專項資金92億元的基礎上，繼續安排公共衛生專項資金51億元，用於支持突發公共衛生事件醫療救治體系、疾病信息網絡體系、衛生執法監督體系、疾病預防控制體系建設和重大疾病預防控制工作。

    在社區衛生方面，2006年2月，國務院召開了全國城市社區衛生工作會議，並下發了《國務院關於發展城市社區衛生服務的指導意見》（國發〔2006〕10號），提出將發展城市社區衛生服務作為構建新型城市衛生服務體系的基礎，作為有效解決城市居民看病難、看病貴問題的重要舉措。會後，財政部會同有關部門研究制定了《關於城市社區衛生服務補助政策的意見》（財社〔2006〕61號）。文件提出了財政支持社區衛生服務發展的重點和方式，要求各級財政要加大對社區衛生服務的投入力度，財政支出重點用於社區公共衛生服務經費補助和人員培訓補助。為此，中央財政將從2007年起對中、西部地區按照每人每年3、4元的標準給予補助，並對人員培訓給予必要支持。同時規定，對社區衛生服務要著力完善財政補助機制，採取購買服務的方式，根據社區服務人口、社區衛生服務機構提供的公共衛生服務數量和質量以及相關成本核定社區公共衛生服務經費補助數額，從機制上激勵提高社區衛生服務的效率，確保社區居民享受到貨真價實的社區衛生服務。

    在農村衛生方面，財政部配合國家發改委等部門，研究制定了《農村衛生服務體系建設發展規劃》，為此，各級財政將安排總投資近217億元，其中中央安排投資近148億元，通過加大對縣醫院、縣中醫（民族醫）院、縣疾病預防控制機構、縣衛生執法監督機構、縣婦幼保健機構、鄉（鎮）衛生院、村衛生室及其他衛生機構等的投入，改善農村衛生機構的基礎設施條件，從而實現到2010年，建立起基本設施比較齊全的農村衛生服務網絡，以滿足農民群眾的醫療衛生服務需求。